如何控制 lmerTest 输出结果的绘图布局？

Question

我正在使用 lme4 和 lmerTest 运行混合模型，然后对我的模型使用向后变量消除（步骤）。这似乎运作良好。运行在 lmerTest 中使用 'step' 函数后，我绘制了最终模型。 'plot' 结果类似于 ggplot2 输出。

我想更改情节布局。显而易见的答案是自己手动使用 ggplot2 创建原始图。如果可能的话，我想简单地更改输出的布局，以便每个图（即最终模型中绘制的因变量）都在自己的行中。

查看下面的代码和绘图以查看我的结果。注意图有三列，我想要三行。此外，我没有提供示例数据（如果我也需要，请告诉我！）。

library(lme4)
library(lmerTest)

# Full model
Female.Survival.model.1 <- lmer(Survival.Female ~ Location + Substrate + Location:Substrate + (1|Replicate), data = Transplant.Survival, REML = TRUE)

# lmerTest - backward stepwise elimination of dependent variables
Female.Survival.model.ST <- step(Female.Survival.model.1, reduce.fixed = TRUE, reduce.random = FALSE, ddf = "Kenward-Roger" )
Female.Survival.model.ST
plot(Female.Survival.model.ST)

Answer 1

创建这些图的函数称为 plotLSMEANS。您可以通过 lmerTest:::plotLSMEANS 查看函数的代码。查看代码的原因是 1) 验证这些图确实是基于 ggplot2 代码和 2) 看看您是否可以找出需要更改的内容才能获得你想要什么。

在这种情况下，听起来您希望 facet_wrap 有一列而不是三列。我使用 **lmerTest* 函数 step 帮助页面中的示例进行了测试，看起来您只需向图中添加一个新的 facet_wrap 层即可。

library(ggplot2)
plot(Female.Survival.model.ST) + 
    facet_wrap(~namesforplots, scales = "free", ncol = 1)

Answer 2

试试这个：plot(difflsmeans(Female.Survival.model.ST$model, test.effs = "Location "))

如何控制 lmerTest 输出结果的绘图布局？

How to control plot layout for lmerTest output results?

r

plot

ggplot2

lme4