根据注释 ggplot2 的条件创建间隔

Question

我有一个名为 ranks 的向量，其值从 -6 到 6，我想根据值间隔创建值的数量间隔，例如 (2, Inf) [2, 1.25) 等包括该区间中值的数量，加上前一个区间中的值。换句话说，对于值区间 (2, Inf) 我想获得这个区间中的值的数量加上前一个区间中的值的数量。

为此我使用了一种非常原始的方法：

   xmin <- c(0, sum(ranks>2),
            sum(ranks>2) + sum(ranks>1.25),
            sum(ranks>2) + sum(ranks>1.25) + sum(ranks>0.75),
            sum(ranks>2) + sum(ranks>1.25) + sum(ranks>0.5) + sum(ranks>0.25)) 
   xmax <- c(c(sum(ranks>2),
            sum(ranks>2) + sum(ranks>1.25),
            sum(ranks>2) + sum(ranks>1.25) + sum(ranks>0.75),
            sum(ranks>2) + sum(ranks>1.25) + sum(ranks>0.5) + sum(ranks>0.25))-1,
            length(ranks))

其中 xmin 是每个间隔的开始，xmax 是每个间隔的结束。但我相信有一种更直接的方法可以做到这一点。

总的来说，我想找到在此间隔中分隔的值：+Inf, 2, 1, 0.5, 0, -0.5, -1, -2, -Inf

PS：我将使用这些来注释 ggplot2 中的 x 轴，如下所示（请参阅从红色到蓝色的色标，这些是具有特定 x 和 y 分隔符的矩形）

Answer 1

试试这个：

c(1, 1, 2, 3, 2, 1, 4, 2, 5, 6, 2, 5, 3) %>% 
  cut(c(0, 2, 4, 6)) %>% 
  table() %>%
  cumsum()

(0,2] (2,4] (4,6] 
    7    10    13

UPD：刚刚注意到 - 您正在反向安排间隔。我认为最简单的方法是将 table 转换为数字并在 cumsuming

之前 reverse

Answer 2

我可能还是理解错了，不过说到底就是统计每个区间有多少个基因，对吧？

基本上你是 re-inventing 堆积条。

library(ggplot2)

# random data
set.seed(1)
rank <- sample(-6:6, 11000, replace = T)
# vector of your cuts
my_cuts <- c(-Inf, -2, -1, -0.5, 0, 0.5, 1, 2, Inf)
## make a data frame and cut the ranks
genes <-  data.frame(rank)
genes$cuts <- cut(genes$rank, my_cuts)

## just use geom_bar
ggplot(genes) +
  geom_bar(aes(y = 1, fill = cuts)) +
  ## now you can simply use one of the scale functions
  scale_fill_brewer(palette =  "Reds")

^{由 reprex package (v2.0.1)}

创建于 2022-05-31

根据注释 ggplot2 的条件创建间隔

Create intervals based on condition for annotate ggplot2

r

intervals

ggplot2