重新格式化 R table() 命令的输出以进行绘图

Question

我想绘制一些计数数据（可能是气泡图）。我有一些不同的实验，对于每个实验，我有三个重复。 table() 命令的输出如下所示。

> with(myData.df, table(ChargeGroup,Expt,Repx))
, , Repx = 1

           Expt
ChargeGroup Ctrl CV2 Gas n15 n30 n45 n60 p15 p30  v0
    <+10     540 512 567 204 642 648  71   2   2   6
    +10:+15  219 258 262 156 283  16   0   1   0   7
    +15:+20  119 118  14 200  14   0   0   7   0  51
    +20:+25   57  38   0  84   1   0   0  31   7  87
    +25:      30  16   0  17   0   0   0  24  19  18

, , Repx = 2

           Expt
ChargeGroup Ctrl CV2 Gas n15 n30 n45 n60 p15 p30  v0
    <+10     529 522 582 201 642 626  77   1   2   5
    +10:+15  232 249 264 150 273  14   0   1   0   5
    +15:+20  116 113  18 204  13   0   0  12   0  41
    +20:+25   53  46   0  82   0   0   0  36   6  94
    +25:      28  12   0  26   0   0   0  33  21  28

, , Repx = 3

           Expt
ChargeGroup Ctrl CV2 Gas n15 n30 n45 n60 p15 p30  v0
    <+10     536 525 591 224 671 641  63   1   2   6
    +10:+15  236 238 257 170 276  16   0   2   1  10
    +15:+20  113 108  15 212  12   0   0  10   0  47
    +20:+25   57  40   0  77   0   0   0  34   3 107
    +25:      32  11   0  25   0   0   0  26  15  26

任何人都可以帮助进一步处理输出，以便我可以直接在基础图形或 ggplot 中绘图吗？谢谢

Answer 1

有几种方法 - 使用 base R，通过循环第三个维度并使用 barplot

绘图

par(mfrow = c(3, 1))
apply(with(myData.df, table(ChargeGroup,Expt,Repx)), 3, barplot)

-测试

par(mfrow = c(3, 1))
apply(with(mtcars, table(cyl, vs, gear)), 3, barplot)

或用as.data.frame转换成单个data.frame并用ggplot或直接获取数据。frame/tibble输出用count

library(dplyr)
library(ggplot2)
myData.df %>%
   count(ChargeGroup,Expt,Repx) %>%
   ggplot(aes(x=ChargeGroup, y = n, fill = Expt)) +
     geom_col() +
     facet_wrap(~ Repx)

-测试

mtcars %>%
   count(cyl = factor(cyl), vs = factor(vs), gear = factor(gear)) %>% 
   ggplot(aes(x = cyl, y = n, fill = vs)) +
    geom_col() + 
    facet_wrap(~ gear)

重新格式化 R table() 命令的输出以进行绘图

Reformat output of R table() command for plotting

r

tabulate