叠加不同的物种积累地块

Question

我想在 R 中绘制一些物种积累曲线，这些曲线可以以灰度格式相互叠加，同时易于解释。 Here 是我想要输出的绘图类型的 link，多边形具有不同类型的灰色和一定程度的透明度，线条具有不同的 lty 值。一些示例数据：

df1 <- as.data.frame(matrix(sample(0:1, 3*10, replace=TRUE), ncol=3))
df2 <- as.data.frame(matrix(sample(0:2, 4*10, replace=TRUE), ncol=4))
library(vegan)
spec1 <- specaccum(df1)
spec2 <- specaccum(df2)

这是我到目前为止对 plot 的了解（不是很好的示例数据，但基本原理是正确的）：

plot(spec2, ci.type = "polygon", ci.lty = 0, ci.col = "grey")
plot(spec1, ci.type = "polygon", ci.lty = 0, ci.col = "gray50",add= TRUE)

当我尝试更改 lty 时，它显示：

Error in polygon(c(xaxvar, rev(xaxvar)), c(x$richness - ci * x$sd, rev(x$richness + : formal argument "lty" matched by multiple actual arguments.

我不确定如何克服这个问题。任何帮助将不胜感激。

Answer 1

对于您的数据，您需要将 ci.col 参数更改为具有 alpha 透明度值的 rgb() 颜色规范（see here for details，-请记住根据文档，可能并非所有设备都支持透明度）：

plot(spec2, ci.type = "polygon", ci.lty = 0, ci.col = rgb(0, 0, 0, 0.5))
plot(spec1, ci.type = "polygon", ci.lty = 1, ci.col = rgb(.5, .5, .5, 0.5),add= TRUE).

这将为您提供以下情节：

叠加不同的物种积累地块

Overlaying different species accumulation plots

plot

r

vegan