R 包中的 ggplot2：CRAN 测试期间的注释

Question

我正在编写一个使用许多 ggplot2 函数的 R 程序包。问题是在 CRAN 测试期间，我有很多与 ggplot 函数相关的注释（见下文）。鉴于这种情况，为了避免来自 CRAN 的这些注释，在我的函数中使用 ggplot2 的最佳方法是什么？

我的代码示例：

s1 <- ggplot2::ggplot(result,aes(x=slope,y=..density..),
            environment = environment())+
            geom_histogram(fill="lightyellow", 
                           alpha=.9,colour="grey60", size=.2) +
            geom_density(size=.2) +
            geom_vline(xintercept = slope.0,color="red",linetype=2,size=.7)+
            xlab("Estimated slopes")+
            theme(axis.text = element_text(size=14),
                  axis.title = element_text(size=16))

CRAN 笔记：

plot_influ_phylolm: no visible global function definition for ‘aes’
plot_influ_phylolm: no visible binding for global variable ‘slope’
plot_influ_phylolm: no visible binding for global variable ‘..density..’
plot_influ_phylolm: no visible global function definition for ‘geom_histogram’
plot_influ_phylolm: no visible global function definition for ‘geom_density’
plot_influ_phylolm: no visible global function definition for ‘geom_vline’ plot_influ_phylolm: no visible global function definition for ‘xlab’
plot_influ_phylolm: no visible global function definition for ‘theme’

Answer 1

您需要将相关的 Imports: 添加到 DESCRIPTION，并将 importFrom(...) 添加到 NAMESPACE。最近对此进行了相当多的讨论，例如参见 [=14=] 及其对进一步讨论的引用。

Answer 2

不是提倡规避规则，而是在弄清楚所有导入的来源时，您始终可以对 global variable 使用以下内容：

slope <- density <- NULL

将以上内容添加到这些变量出现的 .R 文件中，在变量出现在代码中之前。此问题已在本网站 here and here.

上得到更详细的解决

至于函数定义，很难确定要使用与 ggplot2 一样大的 NAMESPACE 导入哪些函数，因此导入整个包可能最容易。我意识到这也不是 'best practice' 但它应该能让你通过 CRAN 检查。如果使用 roxygen 我通常使用包的描述文件，例如myPkg_package.R:

#' @name myPkg-package
#' @docType package
#' @keywords package
#'
#' @import ggplot2
#'
NULL

或者，对于选择性导入：

#' @importFrom ggplot2 theme

然后您需要编辑 DESCRIPTION 文件以包含如下内容：

Imports: ggplot2

您甚至可能想为此使用 Depends:，但不鼓励在 CRAN 上依赖多个包（例如 >4）。

您当然可以每次都指定 NAMESPACE，例如每次调用该函数时，将 theme 更改为 ggplot2::theme。可以说这使代码更清晰，尽管它可能会变得有点乏味并且确实会增加一些执行时间的开销。这仍然需要您像上面那样声明进口。

R 包中的 ggplot2：CRAN 测试期间的注释

ggplot2 inside R packages: Notes during CRAN tests

r

ggplot2

cran

CRAN 笔记：