R: 2-way Anova 与 ez 包不匹配

Question

我正在使用 ez 包，但我意识到结果有时与方差分析函数不匹配。我想知道我做错了什么。

options(contrasts=c("contr.sum","contr.poly")) 
datafilename="https://docs.google.com/spreadsheets/d/1PNHSBMUdPnB_mnP_WrcxYYiwCwN8KHL2Q57KoAoWdAY/pub?gid=0&single=true&output=csv"
data.ex2=read.csv(datafilename,header=1,stringsAsFactors=FALSE) 
data.ex2                                     
aov.ex2 = aov(value~Treat*Gender,data=data.ex2  )         
summary(aov.ex2)  

### testing the ez package now 

library(ez) 

A = ezANOVA(
  data = data.ex2
  , dv = value
  , wid = ID
  , between = .(Treat,Gender)
  ,return_aov=TRUE
  , type = 3
)

print (A$ANOVA)

当我使用另一个网站上给出的示例时，结果完全匹配，所以我想知道我的 table 是否有问题。如果来自这里的数据集，则匹配的示例。

数据文件名="http://personality-project.org/r/datasets/R.appendix2.data"

谢谢！

Answer 1

您对每个分组都有多个 ID 观察值。当运行你的代码时，警告中提到了这一点，它说这些值已经折叠到它们的平均值。所以，在幕后它会做以下事情，

library(plyr)
collapsed <- ddply(data.ex2, .(ID, Treat, Gender), function(x)
    mean(x[, "value"]))

## the mean value is now in column `V1`
aov(V1 ~ Treat*Gender, data=collapsed)

Answer 2

好吧，我终于明白了。需要最后一个命令。

drop1(aov.ex2, .~., test="F")

现在可以使用了，作为参考我从这里得到了这个信息：

http://goanna.cs.rmit.edu.au/~fscholer/anova.php

R: 2-way Anova 与 ez 包不匹配

R: 2-way Anova does not match with ez package

statistics

r

anova