在 R 中合并两个不同大小的 dgCMatrix 稀疏矩阵

Question

如何在 R 中合并两个大的（大约 500k 列和行）稀疏矩阵 class dgCMatrix 具有不同的大小（列和行方面）？

简单示例：我有一个完整的 6x6 矩阵

1 2 3 4 5 6
1 0 0 0 0 0 0
2 0 0 0 0 0 0
3 0 0 0 0 0 0
4 0 0 0 0 0 0
5 0 0 0 0 0 0
6 0 0 0 0 0 0

现在我想合并第二个不同大小的矩阵：

结果应该是：

1 2 3 4 5 6
1 0 0 0 1 0 0
2 0 0 0 0 0 0
3 0 0 0 0 1 0
4 1 0 0 0 0 0
5 0 0 0 0 0 0
6 0 0 0 0 0 0

我尝试了 cbindX 和合并，但两者都不起作用：

only matrices and data.frames can be used

或

cannot coerce class "*structure("dgCMatrix", package = "Matrix")" to a data.frame.

但是，我无法将我的矩阵更改为 sparse=FALSE 矩阵 class，如此处建议的 in this post 或 data.frame，因为在这种情况下，R 无法处理我机器上的矩阵大小了。

如有任何帮助，我们将不胜感激。谢谢！

Answer 1

一种策略是将矩阵转换回相同的大小，然后将它们相加。

A <- sparseMatrix(8, 8, x = 1)
B <- sparseMatrix(c(1,3,5), c(3,6,3), x = c(1,4,1))

您可以使用 summary(B) 访问矩阵 B 的索引，然后使用 sparseMatrix(i,j,x,dims) 重新创建矩阵，就像您在 R 中进行正常的子集操作一样：

> summary(B)
5 x 6 sparse Matrix of class "dgCMatrix", with 3 entries 
  i j x
1 1 3 1
2 5 3 1
3 3 6 4

B <- sparseMatrix(i = summary(B)$i, j = summary(B)$j, x = summary(B)$x, dims = dim(A))

然后你可以只添加矩阵：

A = A + B

在 R 中合并两个不同大小的 dgCMatrix 稀疏矩阵

Merge two dgCMatrix sparse matrices of different size in R

r

matrix

merge

sparse-matrix