用户函数，形式对象已定义但未被代码找到

Question

我工作的企业一直在进行 ELISA 分析（免疫测定），因此我正在编写一个函数，该函数采用机器读出的 csv 格式版本的光密度并运行称为 a 的统计回归4PL分析。它本质上是一个使用 drc 包的 4pl for dummies 函数。我已经编写了大部分代码，但现在我正在尝试将其实际放入函数格式（它在函数结构之外运行良好）。

这是我的问题。我像这样定义函数的 formals()：

elisa<-function(file="data.csv",wd="~/Desktop",standards=c(1,2),orient=horizontal,
limit=TRUE,graph.4pl=FALSE,Conc.graph=FALSE){ body of function}

目前其他正式形式不是特别重要，但我运行有两个问题。这是块第一部分的代码。

rm(list=ls())
setwd(wd)
library(drc);library(reshape2);library(ggplot2)

data<-read.csv(file,head=TRUE, colClasses=c("character"))

如果社区认为我需要添加更多内容，我会添加，但我们暂时保留它。

问题：

elisa("Mock data.csv")
Error in setwd(wd[1]) : object 'wd' not found

显示此错误。正如您所看到的，wd IS defined

formals(elisa)
$file
[1] "data.csv"

$wd
[1] "~/Desktop"

$standards
c(1, 2)

$orient
horizontal

$limit
[1] TRUE

$graph.4pl
[1] FALSE

$Conc.graph
[1] FALSE

此外，如果我在全局环境中将 wd 预定义为 "~/Desktop"，wd 的错误就会消失，但我得到了这个

wd<-"~/Desktop"
elisa("Mock data.csv")
Error in read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  : 
 'file' must be a character string or connection

要么我完全在思考我如何定义我的形式，要么我运行陷入一些非常奇怪的参数传递问题。有什么想法吗？

Answer 1

问题是您要删除第一行的所有形式，rm(list=ls())。

例如：

f <- function(a=1) {
  rm(list=ls())
  print(a)
}
f()
## Error in print(a) : object 'a' not found

当您在全局环境中定义 wd 时（即在函数上方的堆栈中），您的函数将起作用（至少到那时为止），因为 rm(list=ls()) 只会删除其中的变量您当前的环境（即函数调用堆栈）。在这种情况下，您的函数将使用全局环境中定义的变量的值。

用户函数，形式对象已定义但未被代码找到

User-Function, formals object defined but not found by code

arguments

r

function

argument-passing