R 圆弦图

Question

我正在学习如何在 R 中创建圆形图，类似于 CIRCOS 我使用包 circlize 根据航班是否为 OB、Inbound 和 Return 在起点和目的地对之间绘制链接。数据的逻辑并不重要，它只是一个玩具示例

我已经根据下面的代码让情节发挥作用，该代码根据以下逻辑发挥作用

拿我的数据，结合目的地列和航班类型
转换为矩阵并将原点和新列输入 circlize

Reference

library(dplyr)
library(circlize)

# Create Fake Flight Information in a table
orig = c("IE","GB","US","ES","FI","US","IE","IE","GB")
dest = c("FI","FI","ES","ES","US","US","FI","US","IE")
direc = c("IB","OB","RETURN","DOM","OB","DOM","IB","RETURN","IB")
mydf = data.frame(orig, dest, direc)

# Add a column that combines the dest and direction together
mydf <- mydf %>%
  mutate(key = paste(dest,direc)) %>%
  select (orig, key)

# Create a Binary Matrix Based on mydf
mymat <- data.matrix(as.data.frame.matrix(table(mydf)))

# create the objects you want to link from to in your diagram
from <- rownames(mymat)
to <- colnames(mymat)

# Create Diagram by suppling the matrix 
par(mar = c(1, 1, 1, 1))
chordDiagram(mymat, order = sort(union(from, to)), directional = TRUE)
circos.clear()

我很喜欢这个情节，但想稍微改变一下。例如，FI（即芬兰）在图表 FI IB、FI OB 和 FI 上有 3 个测量值。如果可能的话，我想将它们全部组合在 FI 下，并使用配色方案、箭头甚至添加一个额外的轨道来区分这三种类型的航班，该轨道充当 IB OB 和 RETURN 航班

例如，

FI OB 将放置在 FI 中，但有一个单向箭头指向 GB 以表示 OB
FI IB 将被放置在 FI 中，但有一个指向 FI 的单向箭头
FI RETURN（如果存在）会有一个双头箭头

任何人都可以帮忙，有没有人见过类似的事情？最终结果应该只显示一次国家/地区，以便有人可以很快看到哪些国家/地区的航班数量最多

我已经尝试关注 other posts 但我担心当他们转向更高级的东西时我会迷路

非常感谢您的宝贵时间

Answer 1

您是否需要箭头，因为图中的颜色编码已经说明了从/到的故事（从 -> 来自国家/地区的颜色边缘，TO 是来自国家/地区到达目的地国家/地区的颜色，如果来自 = = TO 它自己的颜色 returns 在它自己的基础上（例如参见 US 或 ES））。

library(dplyr)
library(circlize)

# Create Fake Flight Information in a table
orig = c("IE","GB","US","ES","FI","US","IE","IE","GB")
dest = c("FI","FI","ES","ES","US","US","FI","US","IE")
mydf = data.frame(orig, dest)

# Create a Binary Matrix Based on mydf
mymat <- data.matrix(as.data.frame.matrix(table(mydf)))

# create the objects you want to link from to in your diagram
from <- rownames(mymat)
to <- colnames(mymat)

# Create Diagram by suppling the matrix 
par(mar = c(1, 1, 1, 1))
chordDiagram(mymat, order = sort(union(from, to)), directional = TRUE)
circos.clear()

顺便说一句 -> 边缘上还有一个 OFFSET 差异，表明它是 FROM（更宽的边缘）还是 TO（更小的边缘）

Answer 2

首先，我认为您的数据中存在重复记录（IE-FI-IB）。

我先附上代码和图再稍微解释一下。

df = data.frame(orig, dest, direc, stringsAsFactors = FALSE)
df = unique(df)
col = c("IB" = "red",
        "OB" = "blue",
        "RETURN" = "orange",
        "DOM" = "green")
directional = c("IB" = -1,
                "OB" = 1,
                "RETURN" = 2,
                "DOM" = 0)
diffHeight = c("IB" = -0.04,
                "OB" = 0.04,
                "RETURN" = 0,
                "DOM" = 0)
chordDiagram(df[1:2], col = col[df[[3]]], directional = directional[df[[3]]], 
    direction.type = c("arrows+diffHeight"),
    diffHeight = diffHeight[df[[3]]])

legend("bottomleft", pch = 15, legend = names(col), col = col)

首先你需要使用开发版的circlize 你可以通过

安装它

devtools::install_github("jokergoo/circlize")

在这个新版本中，chordDiagram() 支持将输入变量作为数据框，并为 link 绘制两个箭头（刚刚阅读您的 post :)）。

上述代码中，col、directional、direction.type、diffHeight都可以设置为向量，对应df中的行。

当chordDiagram()中的directional参数设置为2时，对应的link会有两个方向。那么如果direction.type包含箭头，就会出现双头箭头。

因为 diffHeight 是一个对应于 df 行的向量，如果你想通过箭头和根的偏移来可视化单个 link 的方向，你需要将这两个选项合并为一个字符串，如示例代码 "arrows+diffHeight".

所示

默认情况下 link 的方向是从第一列到第二列。但在你的情况下，IB 表示反向，因此我们需要将 diffHeight 设置为负值以反转默认方向。

最后，我观察到你有 link 开始和结束在同一个扇区（ES-ES-DOM 和 US-US-DOM），你可以使用 self.link 参数来控制如何表示这样的自我link。下图中self.link设置为1。

R 圆弦图

R Circular Chord Plots

plot

r

chord-diagram