如何将从 hdf5 文件中读取的多个数据存储在一个数组中？

Question

我正在尝试从 HDF5 文件中预加载一堆矩阵并将它们存储在一个动态数组中。但是，我无法让它像我希望的那样工作。由于某种我无法弄清楚的原因，整个数组被覆盖而不是子数组。有什么解决办法吗？

这是我的代码：

short ***data[line_count];
short** dset_data;

for (int file_index = 0; file_index < line_count; ++file_index){
    dset_data = (short**) malloc(DIM_Y * sizeof(short*));
    dset_data[0] = (short*) malloc(DIM_Y * DIM_X * sizeof(short));
    for (int i=1; i < DIM_Y; i++)
      dset_data[i] = dset_data[0] + i * DIM_X;

    for (int y = 0; y < DIM_Y; y++) {
        for (int x = 0; x < DIM_X; x++) {
                dset_data[y][x] = 0;
        }
    }
    /* Open an existing file. */
    file_id = H5Fopen(input_files[file_index], H5F_ACC_RDONLY, H5P_DEFAULT);

    /* Open an existing dataset. */
    dataset_id = H5Dopen2(file_id, "data/data", H5P_DEFAULT);

    /* Read dataset */
    status = H5Dread(dataset_id, H5T_NATIVE_SHORT, H5S_ALL, H5S_ALL, H5P_DEFAULT, &dset_data[0][0]);

    /* Store two dimensional array at n-th position in data array */
    data[file_index] = &dset_data;

    /* Close the dataset. */
    status = H5Dclose(dataset_id);

    /* Close the file. */
    status = H5Fclose(file_id);
}

Answer 1

^{将评论减去对三星级数据的下意识反应，转化为答案。}

data的声明：

short ***data[line_count];

和分配给它的行：

data[file_index] = &pset_data;

是麻烦的根源。您在每次迭代中存储局部变量的地址——同一个局部变量。这不是你想要的；您想要存储您在 pset_data 中保存的值，而不是存储该值的地址。

快速解决方法是从 data:

中减掉一颗星

short **data[line_count];

然后将分配更改为：

data[file_index] = pset_data;

这应该是此代码中所需的全部内容。使用data的代码需要相应的调整。

仔细想想，data是二维数据集的数组；只需要数据的两颗星和数组的下标。考虑结构类型的数组可能是明智的，其中结构类型封装了一个数据集——它会包含一个指向数据本身的指针，也可能包含大小信息，也许它会存储文件它来自或关于数据集的其他元数据。这将避免多星问题。当您拥有三颗星时，很难跟踪正在发生的事情。如果你真的有 N 维数据，那么你可能需要在声明中添加 N 个星号，但辅助数据结构也变得越来越 rococo。但要避免三颗星指针。正如评论中所指出的， Three-Star Programmer 不是一个免费的绰号。偶尔——非常偶尔——有必要。这通常不是必需的，应尽可能避免。

如何将从 hdf5 文件中读取的多个数据存储在一个数组中？

How do I store multiple data read from hdf5 files in one array?

c

hdf5