告诉 Rstudio 使用 mpif90 而不是 gfortran

Question

为了学习如何创建使用 Fortran 的 R 包，我创建了 a simple one to calculate Pi with a monte carlo simulation。现在我正在尝试使 Fortran 代码与 MPI 并行。

当我将 use MPI 添加到我的 Fortran 代码并单击 Rstudio 上的 Build and Reload 按钮时，出现以下错误。

==> R CMD INSTALL --no-multiarch --with-keep.source MyPi

* installing to library ‘/home/ignacio/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2’
* installing *source* package ‘MyPi’ ...
gfortran  -fpic -g -O2 -fstack-protector-strong  -c  Fpi.f90 -o Fpi.o
/usr/lib/R/etc/Makeconf:161: recipe for target 'Fpi.o' failed
** libs
Fpi.f90:2.4:

  use mpi
1
Fatal Error: Can't open module file 'mpi.mod' for reading at (1): No such file or directory
make: *** [Fpi.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘MyPi’
* removing ‘/home/ignacio/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/MyPi’
* restoring previous ‘/home/ignacio/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/MyPi’

Exited with status 1.

我认为问题在于 Rstudio 正在尝试使用 gfortran 而不是 mpi90 进行编译。我可以按照做一个非常基本的 hello world，但是你用 mpif90 -fpic -shared -o test.so test.f90

编译代码

如何告诉 Rstudio 使用 mpif90 -fpic -shared 而不是 gfortran？

我将此添加到 src/Makevars

 FC=mpif90

这是我得到的：

==> R CMD INSTALL --no-multiarch --with-keep.source MyPi

* installing to library ‘/home/ignacio/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2’
* installing *source* package ‘MyPi’ ...
gfortran  -fpic -g -O2 -fstack-protector-strong  -c  Fpi.f90 -o Fpi.o
/usr/lib/R/etc/Makeconf:161: recipe for target 'Fpi.o' failed
** libs
Fpi.f90:2.4:

  USE MPI
1
Fatal Error: Can't open module file 'mpi.mod' for reading at (1): No such file or directory
make: *** [Fpi.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘MyPi’
* removing ‘/home/ignacio/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/MyPi’
* restoring previous ‘/home/ignacio/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/MyPi’

Exited with status 1.

Answer 1

您只需要在 Makevars 文件中设置 FC 标志以指示您希望使用的 Fortran 编译器。

FC=mpif90

编辑 - 如果本地包含在您的包中，以上内容将不起作用

在包 Makevars 中指定时，FC 宏将被覆盖，因为 src/Makevars 文件在 $RHOME/etc/Makeconf 之前被读取，这会覆盖 FC 宏.要更改默认编译器，请在 $HOME 目录的 .R/ 目录中创建一个 Makevars 文件。

然后用与上面相同的行创建文件。重新启动 R 并尝试再次编译（这在我的 Ubuntu 系统上有效）。

告诉 Rstudio 使用 mpif90 而不是 gfortran

Tell Rstudio to use mpif90 instead of gfortran

r

rstudio

r-package