如何编辑由包 XCMS 生成的 xcmsSet

How to edit a xcmsSet generated by the package XCMS

由于XCMS 不提供规范化包装方法,我必须通过自己的代码进行规范化。为了使用 diffreport() 生成规范化的 Diffreport,我正在尝试编辑 xcmsSet。但是代码 groupval(xset)<- 不起作用。结果如下图

有什么方法可以编辑xcmsSet的groupval吗?

> groupval(xset2)<-normalizedValue
   Error in groupval(xset2) <- normalizedValue : 
   could not find function "groupval<-"

如果您查看包的 reference manual,请注意第 80 页上的可用方法列表 class。对于 groupval 没有 'setter' 方法,只有 'getter',这意味着您不能使用 groupval 为 class 设置值(相反,方法 groups 支持赋值)。如果你想用 class 做一些非标准的事情,你将不得不手动修改每个插槽或编写你自己的方法。