在 VMD 中将多个帧加载到 psf 文件中
Load multiple frames into psf file in VMD
如何在 vmd 中打开一个 psf 文件,然后仅使用行命令为该 psf 文件加载多个帧(dcd 文件)?我有数百个 dcd 文件,我不想手动执行此操作。
您尝试过以下方法吗?
mol new yourfile.psf waitfor all
mol addfile yourfile1.dcd waitfor all
mol addfile yourfile2.dcd waitfor all
...
mol addfile yourfileN.dcd waitfor all
如果您有数百个 dcd 文件,您可以在 bash shell 中使用类似以下内容创建 vmd 命令列表:
for i in *dcd ; do printf "mol addfile %s waitfor all\n" $i ; done > your_vmd_script.tcl
并在您在 vmd 中打开 psf 后获取:
mol new yourfile.psf waitfor all
source your_vmd_script.tcl
但请确保您正在加载的数据量不超过系统内存,否则它会开始交换到磁盘并变得无响应。
我建议先使用 catdcd 将 dcd 文件连接在一起。 http://www.ks.uiuc.edu/Development/MDTools/catdcd/
然后你可以用你的psf文件加载一个巨大的dcd文件。
要使用 catdcd:
catdcd -o output_file.dcd file1.dcd file2.dcd ... last_file.dcd
如何在 vmd 中打开一个 psf 文件,然后仅使用行命令为该 psf 文件加载多个帧(dcd 文件)?我有数百个 dcd 文件,我不想手动执行此操作。
您尝试过以下方法吗?
mol new yourfile.psf waitfor all
mol addfile yourfile1.dcd waitfor all
mol addfile yourfile2.dcd waitfor all
...
mol addfile yourfileN.dcd waitfor all
如果您有数百个 dcd 文件,您可以在 bash shell 中使用类似以下内容创建 vmd 命令列表:
for i in *dcd ; do printf "mol addfile %s waitfor all\n" $i ; done > your_vmd_script.tcl
并在您在 vmd 中打开 psf 后获取:
mol new yourfile.psf waitfor all
source your_vmd_script.tcl
但请确保您正在加载的数据量不超过系统内存,否则它会开始交换到磁盘并变得无响应。
我建议先使用 catdcd 将 dcd 文件连接在一起。 http://www.ks.uiuc.edu/Development/MDTools/catdcd/
然后你可以用你的psf文件加载一个巨大的dcd文件。
要使用 catdcd:
catdcd -o output_file.dcd file1.dcd file2.dcd ... last_file.dcd