Python: urllib.request.urlretrieve 保存一个空文件。写在里面 "Supplied id parameter is empty."

Question

这是我要下载并保存的文件类型：

http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=nuccore&id=562868704,585641505&rettype=fasta&retmode=text

...这是测试代码：

import urllib.request
import xml.etree.ElementTree as ET
mystring = ' '
link = urllib.request.urlopen('http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/elink.fcgi?dbfrom=protein&db=nuccore&linkname=protein_nuccore_mrna&id=13591999,149050462')
tree = ET.parse(link)
root = tree.getroot()
for branch in root.iter('Link'):
    for something in branch.iter('Id'):
        mystring += something.text + ','
mRNA = urllib.request.urlretrieve('http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=nuccore&id=' + mystring + '&rettype=fasta&retmode=text', 'C:/Users/User/Documents/mRNA.fasta')

它创建了文件但后来是空的，我不知道问题出在哪里。谢谢你的帮助。

Answer 1

您的结果 URL 包含一个 space；你自己把它放在那里：

mystring = ' '

如果我将其替换为空字符串，您的代码似乎可以正常工作：

mystring = ''

您可以使用列表并使用 str.join() method 构建您的值，而不是使用字符串连接：

elements = []
for element in root.findall('.//Link/Id'):
    elements.append(element.text)
mystring = ','.join(elements)

我使用 Element.findall() method with an XPath expression 列出所有匹配的 Id 节点。

Python: urllib.request.urlretrieve 保存一个空文件。写在里面 "Supplied id parameter is empty."

Python: urllib.request.urlretrieve saves an empty file. Writes in it "Supplied id parameter is empty."

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