Python/Numba：scipy.special.gammainc() 出现未知属性错误

Question

我在使用 @jit 装饰器运行ning 代码时遇到错误。似乎找不到函数 scipy.special.gammainc() 的某些信息：

Failed at nopython (nopython frontend)
Unknown attribute 'gammainc' for Module(<module 'scipy.special' from 'C:\home\Miniconda\lib\site-packages\scipy\special\__init__.pyc'>) 4.2 4.3 = getattr(attr=gammainc, value=4.2)

如果没有 @jit 装饰器，代码将运行正常。也许需要一些东西才能使 scipy.special 模块的属性对 Numba 可见？

提前感谢您的任何建议、评论等

Answer 1

问题是 gammainc 不是 Numba 本身就知道如何处理的一小部分函数之一（参见 http://numba.pydata.org/numba-doc/dev/reference/numpysupported.html）- 实际上 none scipy 函数是。这意味着您不能在 "nopython" 模式下使用它，不幸的是 - 它只需要将其视为正常的 python 函数调用。

如果您删除 nopython=True，它应该可以工作。然而，这并不是非常令人满意，因为它可能会更慢。如果没有看到您的代码，就很难知道确切的建议。但是，一般来说：

循环（不包含 gammainc 之类的内容）将被加速，即使没有 python.
gammainc 是一个 "ufunc"，这意味着它可以很容易地一次应用于整个数组，并且应该运行很快。
可以调用func.inspect_types()查看是否可以编译

举个简单的例子：

from scipy.special import gammainc
import numba as nb
import numpy as np

@nb.jit # note - no "nopython"
def f(x):
  for n in range(x.shape[0]):
    x[n] += 1
  y = gammainc(x,2.5)
  for n in range(y.shape[0]):
    y[n] -= 1
  return y

f(np.linspace(0,20)) # forces it to be JIT'd and outputs an array

然后 f.inspect_types() 将这两个循环标识为 "lifted loops"，这意味着它们将被 JIT 和运行快速处理。带有 gammainc 的位不是 JIT，而是一次应用于整个数组，因此也应该很快。

Python/Numba：scipy.special.gammainc() 出现未知属性错误

Python/Numba: Unknown attribute error with scipy.special.gammainc()

python

numpy

scipy

anaconda

numba