计算 imagej 中的核焦点 - 得到奇怪的结果

Question

我遵循此处概述的协议：http://microscopy.duke.edu/HOWTO/countfoci.html

下面附上了我正在使用的命令。

我的问题是我正在处理大量图像（25k x 17k 像素），有时我会得到准确的值，但有时我会得到我在下面看到的内容。根据结果 table（并根据 RawIntDen/255 获得核灶的实际数量），突出显示的簇有大约 60,000 个核！ ...事实并非如此，您可以通过快速目视检查看到。

知道为什么会这样或者我能做些什么吗？

我已经尝试在测量前的步骤中重新二值化图像。那没有用。无论是手动执行命令还是通过宏执行命令，我都会遇到此问题。还有其他想法吗？

提前致谢。

Link转图片：https://www.dropbox.com/s/b7p6wkijf5smlpy/photo%20aug%2009%2C%204%2054%2021%20pm.jpg?dl=0

       run("8-bit");
       run("Auto Threshold", "method=Triangle white setthreshold show");
       run("Convert to Mask");
       run("Fill Holes");
       run("Dilate");
       run("Dilate");
       run("Analyze Particles...", "size=50-Infinity display clear summarize add in_situ");
       wait(30000);
       run("Revert");
       run("Find Maxima...", "noise=7 output=[Single Points] exclude");
       run("ROI Manager...");
       roiManager("Show None");
       roiManager("Show All");
       run("Set Measurements...", "area mean min integrated redirect=None decimal=3");
       roiManager("Measure");
       wait(30000);
       roiManager("Save", path + ".zip");
       saveAs("Results", path + ".xls");
               close();

Answer 1

你的照片在 Pixels 中似乎很大。您定义的粒子大小是“50 - 无穷大”。我觉得这太小了，试试大于 50 的东西。希望能解决问题。

P.S.: 我们也尝试过使用这个算法来解决类似的问题，也许这会对你有所帮助：http://focinator.oeck.de/.

计算 imagej 中的核焦点 - 得到奇怪的结果

Counting nuclear foci in imagej - getting strange results

imagej