如何在 Python 中将 DICOM LUT 解码器与 gdcm 一起使用 - 传递缓冲区

Question

我需要考虑使用 GDCM for converting DICOM images to PNG-format. While this example works, it does not seem to take the LUT，因此我得到了 inverted/non-inverted 图像的混合。虽然我熟悉 C++ 和 Python，但我不能完全理解包装器中的黑魔法。该文档完全是用 C++ 编写的，我需要一些帮助来连接这些点。

主线任务

转换示例中的以下部分：

def gdcm_to_numpy(image):
    ....
    gdcm_array = image.GetBuffer()
    result = numpy.frombuffer(gdcm_array, dtype=dtype)
    ....

像这样：

def gdcm_to_numpy(image):
    ....
    gdcm_array = image.GetBuffer()
    lut = image.GetLUT()
    gdcm_decoded = lut.Decode(gdcm_array)
    result = numpy.frombuffer(gdcm_decoded, dtype=dtype)
    ....

现在出现错误：

NotImplementedError: Wrong number or type of arguments for overloaded function 'LookupTable_Decode'.
  Possible C/C++ prototypes are:
    gdcm::LookupTable::Decode(std::istream &,std::ostream &) const
    gdcm::LookupTable::Decode(char *,size_t,char const *,size_t) const

通过查看 GetBuffer 定义，我猜第一个参数是分配的变量 bool GetBuffer(char *buffer) const;。我想后一个 4 参数版本是我应该瞄准的版本。不幸的是，我不知道 size_t 参数应该是什么。我试过

gdcm_in_size = sys.getsizeof(gdcm_array)
gdcm_out_size = sys.getsizeof(gdcm_array)*3
gdcm_decoded = lut.Decode(gdcm_out_size, gdcm_array, gdcm_in_size)

还有

gdcm_in_size = ctypes.sizeof(gdcm_array)
gdcm_out_size = ctypes.sizeof(gdcm_array)*3
gdcm_decoded = lut.Decode(gdcm_out_size, gdcm_array, gdcm_in_size)

但没有成功。

更新 - 根据@malat 的建议

使用 ImageApplyLookupTable 进行测试

...
lutfilt = gdcm.ImageApplyLookupTable();
lutfilt.SetInput( image );
if (not lutfilt.Apply()):
    print("Failed to apply LUT")

gdcm_decoded = lutfilt.GetOutputAsPixmap()\
    .GetBuffer()

dtype = get_numpy_array_type(pf)
result = numpy.frombuffer(gdcm_decoded, dtype=dtype)
...

不幸的是，我打印了 "Failed to apply LUT" 图像，但图像仍然是倒置的。看下图，ImageJ表示它有一个反相LUT。

Answer 1

作为一个简单的解决方案，我会先应用 LUT。在这种情况下，您需要使用 ImageApplyLookupTable. It internally calls the gdcm::LookupTable API. See for example.

当然，正确的解决方案是传递 DICOM LUT 并将其转换为 PNG LUT。

更新：现在您已经发布了屏幕截图。我明白你这边的情况。您不是在尝试应用 DICOM 查找 Table，而是在尝试更改两个不同光度学解释 DICOM 数据集的渲染，即 MONOCHROME1 与 MONOCHROME2。

在这种情况下，您可以通过使用以下软件实现来更改它：gdcm.ImageChangePhotometricInterpretation。从技术上讲，这种类型的渲染最好使用您的图形卡来完成（但那是另一回事）。

如何在 Python 中将 DICOM LUT 解码器与 gdcm 一起使用 - 传递缓冲区

How to use the DICOM LUT decoder with gdcm in Python - passing buffers

c++

python

dicom

gdcm

更新 - 根据@malat 的建议