使用 str.translate() 将 DNA 转化为 RNA

Question

我正在尝试使用 Python...

将 DNA 代码转换为 RNA 代码

我这样写：

print('Digite a sequência DNA a ser transcrita para RNA:')

my_str = raw_input()
print(my_str.replace('T', 'U'))

它有效，但是..现在我需要将 A 转换为 U，T 转换为 A， G 到 C 和 C 到 G...我看看我是怎么做到的，然后这样做：

print('Digite a sequência DNA a ser transcrita para RNA:')

my_str = raw_input()


RNA_compliment = {
    ord('A'): 'U', ord('T'): 'A',
    ord('G'): 'C', ord('C'): 'G'}

my_str.translate(RNA_compliment)

但是我得到这个错误：

Traceback (most recent call last):
  File "rna2.py", line 15, in <module>
    my_str.translate(RNA_compliment)
TypeError: expected a character buffer object

我做错了什么？

Answer 1

python 3:

str.maketrans is a static method, which returns a translation table usable for str.translate().
如果有两个参数，它们必须是等长的字符串。

i, j = "ATGC", "UACG"

tbl = str.maketrans(i, j)

my_str = "GUTC"

print(my_str.translate(tbl))

[out]:
'CUAG'

使用`RNA_compliment`

str.maketrans 接受一个参数作为字典
{ord('A'): 'U', ord('T'): 'A', ord('G'): 'C', ord('C'): 'G'}
- ord() 不是必需的

# dict without ord
RNA_compliment = {'A': 'U', 'T': 'A', 'G': 'C', 'C': 'G'}

tbl2 = i.maketrans(RNA_compliment)

print(my_str.translate(tbl2))

[out]:
'CUAG'

python 2:

如果要制作 table，请使用 string.maketrans。
您只能将 ord 与 dict 一起用于 python3，不能对于 python2:

In [1]: from string import maketrans

In [2]: i, j = "ATGC", "UACG"

In [3]: tbl = maketrans(i,j)

In [4]: my_str = "GUTC"

In [5]:  my_str.translate(tbl)
Out[5]: 'CUAG'

使用 str.translate() 将 DNA 转化为 RNA

DNA to RNA using str.translate()

python

bioinformatics

biopython

python 3:

使用`RNA_compliment`

python 2:

使用 str.translate() 将 DNA 转化为 RNA

DNA to RNA using str.translate()

python

bioinformatics

biopython

python 3:

使用RNA_compliment

python 2:

使用`RNA_compliment`