在 R 中使用两个数据帧的散点图矩阵

Question

我想在我的数据框中的一组变量（不是全部！）之间创建一个散点图矩阵。

我的数据帧的快速快照：

V1    V2    V3    V4    V5    V6    V7    R1    R2
.08  .05   .93   .1    .21   .32    .21   .09  .07
.43  .12   .1   .40    .07   .98    .25   .10  .05

两组分别是V1到V7和R1-R2。所以我想要实现的是 V1-R1、V1-R2、V2-R1[= 之间的情节63=].......V7-R2.我不想绘制 V1-V2、V1-V4 等

我认为实现此目的的一种简单方法是将我的数据框分成两部分，这将使我能够实现我的目标。

所以我将数据框分成两部分，如下所示：

dataFrame1<-dataframe[,1:7]

dataFrame2<-dataframe[,8:9]

就从 R 中获取相关性 table 而言，这很有效：

cor(dataFrame1,dataFrame2)

但是绘图位有点挑战。

到目前为止，我已经尝试了 ggpairs、car 和 scatterplotMatrix 和 none 他们似乎工作。

对于 ggpairs 使用当前代码如下：

ggpairs (dataFrame1, dataFrame2)

我收到以下错误消息

Make sure your 'columns' values are positive.

当然上面的数据帧只是整个数据集的一个样本，因此你在 R1 和 R2 中看不到任何负数。

我不想在 ggplot2 中手动完成，然后使用 glob 合并成一个图。此外，我不想按原样绘制所有变量的矩阵，因为这不是我想要实现的目标。

还有其他方法可以实现我的目标吗？

谢谢。

Answer 1

这是一个 dplyr 解决方案。首先将你原来的 df 子集分成两个不同的data.frames；将它们变成 ggplot 所需的长格式；然后按行合并 data.frames（我为此添加了一个 id 变量）并用 facet_grid.

绘制结果

# Simulating data
df <- data.frame(
  id = 1:100,
  V1 = rnorm(100),
  V2 = rnorm(100),
  V3 = rnorm(100),
  R1 = rnorm(100),
  R2 = rnorm(100),
  R3 = rnorm(100))

library(dplyr)
library(tidyr)

# Subset the data.frames
df1 <- select(df,id,starts_with("V"))
df2 <- select(df,id,starts_with("R"))

# Turn them both to long form and merge them
dft <- gather(df1,var,value,-id) %>% 
  left_join(gather(df2,var,value,-id),by="id")

ggplot(data = dft,aes(x = value.x,y=value.y)) +
  geom_point() +
  facet_grid(var.x~var.y)

附带说明一下，您的代码会产生此错误，因为 ggpairs 不需要两个 data.frames。见 ?GGally::ggpairs :

ggpairs(data, columns = 1:ncol(data) ...)

第二个参数应该是列索引；您正在传递整个 data.frame。 ggpairs 似乎不能做你想做的事，但如果你只是将整个原始数据帧传递给它，它会把每个变量相互绘制：ggpairs(dataframe)。

在 R 中使用两个数据帧的散点图矩阵

Scatterplot matrix using two dataframes in R

r

ggplot2

correlation

scatter-plot