CRAN/ Bioconductor package installs fail: Error: Line starting '<!DOCTYPE HTML PUBLI ...' is malformed

Question

我刚刚重新安装了 Ubuntu 14.04，并按照 this link and this other one 上的说明安装了 R，像往常一样选择 Berkeley 镜像。

在 emacs (+ess) 上，我根本无法安装任何 CRAN 或 Bioconductor 软件包，例如：

install.packages("ggplot2")

或：

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("biomaRt")

我经常收到以下错误：

Error: Line starting '<!DOCTYPE HTML PUBLI ...' is malformed!

在this other thread之后，我一直在等着看问题是否自行解决，但是2天后我一直收到同样的错误。有什么建议吗？？

Answer 1

请出示什么

Rscript -e 'print(options("repos"))'

包含。对于它的价值，我以这种方式设置了 CRAN 以及另外两个 drat 并且从来没有问题：

## Example of Rprofile.site snippet
local({
    r <- getOption("repos")
    r["CRAN"] <- "http://cran.rstudio.com"
    r["eddelbuettel"] <- "http://eddelbuettel.github.io/drat"
    r["ghrr"] <- "http://ghrr.github.io/drat"
    options(repos = r)
})

您可以通过这种方式设置 CRAN、BioC 和任何其他数量的存储库。

Answer 2

好吧，我已经解决了问题，结果提示 select 一个 CRAN 镜像时，我正在 selecting

USA (CA1) [https]

而不是

(HTTP mirrors)

这是我从未见过的功能...

选择 HTTP 镜像会将我带到我期待的镜像列表，select现在

USA (CA1)

使安装过程完美运行。谢谢！

Answer 3

由于这在 Google 中出现率很高，我想告诉大家您的 R 版本可能是问题所在。

CRAN/ Bioconductor package installs fail: Error: Line starting '<!DOCTYPE HTML PUBLI ...' is malformed

CRAN/ Bioconductor package installs fail: Error: Line starting '<!DOCTYPE HTML PUBLI ...' is malformed

r

redirect

installation

package

cran