Python 3 networkx draw_graphviz() 不起作用

Question

我只想用 Python 3 networkx & graphviz 画一个简单的图：

import networkx as nx

G = nx.complete_graph(3)
nx.draw_graphviz(G)

我正在使用 ubuntu14.04 和 IPython3 并且像往常一样我做了 pip3 install networkx 并且运行代码给了我：

ImportError: pydot could not be loaded: http://code.google.com/p/pydot/

我尝试安装 pydotplus 和运行代码：

/usr/local/lib/python3.4/dist-packages/networkx/drawing/nx_pydot.py in pydot_layout(G, prog, root, **kwds)
    294 
    295         if isinstance(node,list):
--> 296             node=node[0]
    297         pos=node.get_pos()[1:-1] # strip leading and trailing double quotes
    298         if pos != None:

IndexError: list index out of range

和 pydot2 也：

/usr/local/lib/python3.4/dist-packages/pydot.py in write(self, path, prog, format)
   1893             prog = self.prog
   1894 
-> 1895         dot_fd = file(path, "w+b")
   1896         if format == 'raw':
   1897             data = self.to_string()

NameError: name 'file' is not defined

我已经花了很多时间搜索和安装其他 pydots 和 pygraphviz 组合，但仍然没有运气。

虽然这可能是相关的： pydot and graphviz error: Couldn't import dot_parser, loading of dot files will not be possible，这并没有解决 Python 3.

中的问题

Answer 1

这不是一个很好的答案，但它可以作为一种解决方法。

首先输出.dot文件 networkx.write_dot(G, 'graph.dot') 使用 Python

然后在命令行上执行适当的 graphviz 输出命令，如 neato -T png graph.dot > graph.png。

Answer 2

您可以通过编辑行 #292 来解决这个问题：

    pydot_node = pydot.Node(make_str(n)).get_name().encode('utf-8')

删除末尾的编码：

    pydot_node = pydot.Node(make_str(n)).get_name() #.encode('utf-8')

我已经举报了 bug/fix here。

Answer 3

这似乎与您使用的 pydot 的版本与使用 file(...) 的 Python 3 不兼容是同一个问题。 file(...) 已在 Python 3 中删除。

我注意到这个问题并在 PyPi 上安装了 Python 3 兼容版本。

对于 Python 3.x 的 Linux 系统，尝试：

pip3 install pydot3

或者一般来说 Python 2.x，试试：

pip install pydot3

Python 3 networkx draw_graphviz() 不起作用

Python 3 networkx draw_graphviz() does not work

python-3.x

graphviz

networkx