PyTables 数组上的 argsort

Question

我对 NumPy 的 argsort 有疑问。它在内存中创建一个长度为输入数组长度的 int64 数组。由于我使用的是非常大的数组，这会耗尽内存。

我用一个小的 PyTables 数组测试了 NumPy 的 argsort，它给出了正确的输出。现在，我想要的是排序算法直接使用 PyTables 的数组。有没有办法通过标准 NumPy 调用或对 NumPy 内部结构的简单破解来做到这一点？

我也对非 NumPy 替代品持开放态度 - 我只想完成工作！

Answer 1

由于您使用的是 Pytables，我建议您使用内置排序功能的 Table class。

%pylab

import tables
#create description of your table
class Table_Description(tables.IsDescription):
    column_name = tables.Int64Col()   

#create hdf5 file and table
f=tables.open_file('test.h5',mode="w")
a=f.create_table("/","my_table",description=Table_Description)

# fill table
a.append(array([randint(0,99999) for i in xrange(10000)]))

#Create a full index (on disk if you use the tmp_dir parameter
a.cols.column_name.create_index(9,kind='full',tmp_dir="/tmp/")

#write changes to disc
a.flush()

#read indices that will sort the table
ind=f.root.my_table.cols.column_name.index
ind.read_indices()

PyTables 数组上的 argsort

argsort on a PyTables' array

python

arrays

numpy

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