MicroManager 插件中的 "Separate image files" 和 "Image stack" - 在两者之间转换的简单方法？
"Separate image files" and "Image stack" in MicroManager plugin - easy way to convert between the two?
很抱歉只标记了 ImageJ - 这是关于 MicroManager 的问题，MicroManager 是它的显微镜插件，我认为这是最好的。
我最近使用 MicroManager（最近的版本，但我记不起确切的数字）为一个重要的实验拍摄了图像。我所在机构的 IT 服务最近出现了一些网络问题，我保存的软件首选项已被删除。当我意识到我将我的图像保存为单独的图像文件（三个灰度 TIFF 加上元数据文本文件）而不是 OME-TIFF iamge 堆栈时，我的实验进行了一半。
我所有用于图像处理的 ImageJ 宏都依赖于多通道图像堆栈，所以这有点问题。在拍摄图像后，MicroManager（或 ImageJ）中是否有任何简单的方法可以将这些单通道灰度图像批量转换为 OME-TIFF 图像堆栈？
干杯。
您可以从 macro 开始：
// Convert your images to a stack
run("Images to Stack", "name=Stack title=[] use");
// The stack will default the images to time points. Convert to channels
run("Stack to Hyperstack...", "order=xyczt(default) channels=3 slices=1 frames=1 display=Color");
// Export as OME-TIFF
run("Bio-Formats Exporter");
这是为了一次重建一个数据集而设计的（打开 3 张图像，运行 宏并导出 OME-TIFF）。
如果您不想显示任何对话框，您可以将输出目录传递给 Bio-Formats 导出器：
run("Bio-Formats Exporter", "save=/path/to/image.ome.tif export compression=Uncompressed");
对于输出文件名，您可以使用 getTitle()
在宏中获取原始图像名称
目录中的iterating over all the files上还有一个模板示例，如果你想完全自动化宏。然而，这可能需要一些调整，因为你想一次对你的图像 3 进行操作。
希望对您有所帮助！
很抱歉只标记了 ImageJ - 这是关于 MicroManager 的问题，MicroManager 是它的显微镜插件，我认为这是最好的。
我最近使用 MicroManager（最近的版本，但我记不起确切的数字）为一个重要的实验拍摄了图像。我所在机构的 IT 服务最近出现了一些网络问题，我保存的软件首选项已被删除。当我意识到我将我的图像保存为单独的图像文件（三个灰度 TIFF 加上元数据文本文件）而不是 OME-TIFF iamge 堆栈时，我的实验进行了一半。
我所有用于图像处理的 ImageJ 宏都依赖于多通道图像堆栈，所以这有点问题。在拍摄图像后，MicroManager（或 ImageJ）中是否有任何简单的方法可以将这些单通道灰度图像批量转换为 OME-TIFF 图像堆栈？
干杯。
您可以从 macro 开始：
// Convert your images to a stack
run("Images to Stack", "name=Stack title=[] use");
// The stack will default the images to time points. Convert to channels
run("Stack to Hyperstack...", "order=xyczt(default) channels=3 slices=1 frames=1 display=Color");
// Export as OME-TIFF
run("Bio-Formats Exporter");
这是为了一次重建一个数据集而设计的（打开 3 张图像，运行 宏并导出 OME-TIFF）。
如果您不想显示任何对话框，您可以将输出目录传递给 Bio-Formats 导出器：
run("Bio-Formats Exporter", "save=/path/to/image.ome.tif export compression=Uncompressed");
对于输出文件名，您可以使用 getTitle()
在宏中获取原始图像名称目录中的iterating over all the files上还有一个模板示例，如果你想完全自动化宏。然而，这可能需要一些调整，因为你想一次对你的图像 3 进行操作。
希望对您有所帮助！