Packrat 破坏 R 功能的问题

Question

我在某个时候安装了软件包 packrat，也许用过一次，然后继续我的生活。

然而，尽管几个月没有加载它，它仍然对我的常规 R 使用造成麻烦。

似乎是随机的，我在 RStudio 中的 R 会话会在某些操作中失败并出现错误，尤其是包安装。这是最新的错误消息（在运行ning parallel::makeCluster(parallel::detectCores()):

之后

Error in file(filename, "r", encoding = encoding) : cannot open the connection

Calls: source -> file

In addition: Warning message:

In file(filename, "r", encoding = encoding) : cannot open file 'packrat/init.R': No such file or directory

Execution halted

我检查了 .libPaths() 上的所有文件夹，我什至没有安装 packrat。为什么 R 仍在尝试执行 packrat 操作？我该如何阻止它？

到目前为止，我的胶带解决方案是简单地关闭并重新打开 RStudio，这对于包安装问题来说就像一个魅力。

但是，我似乎无法在一个 .R 脚本中为 makeCluster(detectCores()) 解决这个问题。它在另一个项目的另一个脚本中工作得很好。

背景：

sessionInfo()
# R version 3.2.2 (2015-08-14)
# Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
# Running under: Ubuntu 14.04.2 LTS

# locale:
#  [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8          LC_NUMERIC=C                  LC_TIME=en_US.UTF-8          
#  [4] LC_COLLATE=en_US.UTF-8        LC_MONETARY=en_US.UTF-8       LC_MESSAGES=en_US.UTF-8      
#  [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8          LC_NAME=en_US.UTF-8           LC_ADDRESS=en_US.UTF-8       
# [10] LC_TELEPHONE=en_US.UTF-8      LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8    LC_IDENTIFICATION=en_US.UTF-8

# attached base packages:
# [1] parallel  stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

# other attached packages:
#  [1] doParallel_1.0.8 iterators_1.0.7  foreach_1.4.2    geosphere_1.4-3  xlsx_0.5.7       xlsxjars_0.6.1  
#  [7] rJava_0.9-6      xtable_1.7-4     sandwich_2.3-3   texreg_1.35      maptools_0.8-36  sp_1.1-1        
# [13] ggmap_2.5.2      ggplot2_1.0.1    data.table_1.9.5

# loaded via a namespace (and not attached):
#  [1] Rcpp_0.11.6         plyr_1.8.3          tools_3.2.2         digest_0.6.8        gtable_0.1.2       
#  [6] lattice_0.20-33     png_0.1-7           mapproj_1.2-4       proto_0.3-10        stringr_1.0.0      
# [11] RgoogleMaps_1.2.0.7 maps_2.3-11         grid_3.2.2          jpeg_0.1-8          foreign_0.8-66     
# [16] RJSONIO_1.3-0       reshape2_1.4.1      magrittr_1.5        codetools_0.2-11    scales_0.2.5       
# [21] MASS_7.3-43         colorspace_1.2-6    stringi_0.5-9003    munsell_0.4.2       chron_2.3-47       
# [26] rjson_0.2.15        zoo_1.7-12

更新 1：

安装 packrat 没有效果。运行 packrat::init() 导致完成前出错；什么都没有改变。

更新 2：

我确定是工作目录导致了问题，从而确定了问题所在。我正在使用的工作目录中的什么可能导致了问题？以前在此目录中有运行 packrat 的一些残留文件？

Answer 1

根据@BondedDust 的建议，通过进一步的试验和错误，我似乎终于解决了这个问题。之前曾尝试在我工作的特定工作目录中使用 packrat，尽管后来卸载了 packrat.

，但似乎留下了一些痕迹

特别是 packrat edits your local .Rprofile（@zerweck 和 @snaut 的原始信用），在该目录中的 R 启动时 source()d。

如果您使用 .Rprofile 来存储一些本地配置，您应该编辑文件并删除 packrat 行（或任何您不认识的行）；否则，您只需删除该文件即可将您的项目恢复到预期的状态。

Answer 2

检查您的 HOME 目录是否有意外的 .Rprofile。

如果您尝试在主页中 packrat::init()，Packrat 可能已将其放在这里。

install.package() with packrat 在运行时查找 .Rprofile。我观察到的行为使 HOME .Rprofile 优先于 getwd() ，导致

cannot open file 'packrat/init.R': No such file or directory

Packrat 破坏 R 功能的问题

Trouble with packrat corrupting R functioning

r

package

rstudio

packrat

更新 1：

更新 2：