Scipy 稀疏矩阵元素乘法

Question

我正在尝试对两个大型稀疏矩阵进行逐元素乘法。两者的大小都在 (400K X 500K) 左右，包含大约 100M 个元素。

但是，它们的相同位置可能没有非零元素，并且它们可能没有相同数量的非零元素。在任何一种情况下，我都可以将一个矩阵的非零值与另一个矩阵中的零值相乘为零。

我在每种方法中都保持运行内存不足 (8GB)，这没有多大意义。我不应该。这些是我试过的。

A 和 B 是稀疏矩阵（我试过 COO 和 CSC 格式）。

# I have loaded sparse matrices A and B, and have a file opened in write mode
row,col = A.nonzero()
index = zip(row,col)
del row,col
for i,j in index :
    # Approach 1
    A[i,j] *= B[i,j]

    # Approach 2
    someopenfile.write(' '.join([str(i),str(j),str(A[j,j]*B[i,j]),'\n']))

    # Approach 3
    if B[i,j] != 0 :
        A[i,j] = A[i,j]*B[i,j] # or, I wrote it to a file instead 
                               # like in approach 2

如果我注释掉 for 循环，我发现我使用了将近 3.5GB 的内存。但是当我使用循环时，无论是将乘积写入文件还是写回矩阵，内存使用量都会飙升至满内存，导致我停止执行，或者系统挂起。如何在不消耗这么多内存的情况下执行此操作？

Answer 1

我怀疑你的稀疏矩阵在你执行操作时变得非稀疏，你试过了吗：

A.multiply(B)

因为我怀疑它会比您可以轻松完成的任何事情都更好地优化。

如果 A 不是正确类型的稀疏矩阵，您可能需要：

A = A.tocsr()
# May also need 
# B = B.tocsr()
A = A.multiply(B)

Scipy 稀疏矩阵元素乘法

Scipy sparse matrices element wise multiplication

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