绘制树时间线（进化历史）

Question

我目前正在写一篇文献综述，我希望能够通过绘制我读过的论文来绘制一些算法的演变，以及它们通过引用作为水平树的联系，并且x 轴对应于发布日期。

这是我正在寻找的示例。

问题

• 这种图形叫什么？
• 是否有生成此类图表的现有工具或示例？

理想情况下，我想在 R 中或使用 D3.js 实现这一点，但我很灵活。

注：交叉post来自Cross Validated

Answer 1

您所追求的可视化类型称为 'cladogram'，用于分支学或基于共同特征的生物分类。应用进一步分类的其他类似可视化称为 'phylograms' 或 'phylogenetic trees.'

快速 google 后，我找到了 this R package、ggtree，这似乎符合您的要求（分支树和标记 x 轴甚至 y 轴的潜力，如果你需要）。该软件包似乎还允许高度自定义的绘图。祝你好运！