正确指定 S4 泛型

Question

抱歉我的无知，但我不明白如何正确实施 S4 泛型。过去几个小时我一直在挣扎。希望这是一个简单的修复。

我正在尝试为我的 class 定义简单的方法，例如 print 和 summary。我在下面尝试了很多不同的变体。下面的内容似乎是最接近工作的，但显然仍然不合适。

正确的做法是什么？我做错了什么？

setClass("foo",
         representation= list(method= "character",
                              mle_iter= "numeric",
                              mle_log_lik= "numeric",
                              data= "list"))


print.foo <- function(obj) {
  cat("\n Method: ", obj@method,
      "\n\n Iterations: ", obj@mle_iter,
      "\n\n Log-Likelihood: ", obj@mle_log_lik)
}

setGeneric("print",
           def= function(obj) {
             print.foo(obj)
             standardGeneric("print")
           })

setMethod("print", signature= "foo",
          function(obj) {
            print(obj)
          })


dat <- as.data.frame(matrix(rnorm(500), ncol=5))

foo1 <- new("foo",
           method= "EM",
           mle_iter= 6,
           mle_log_lik= 1000,
           data= list(dat))

class(foo1)

# this gives me the print that I want; but throws two errors
# other things that I've tried have just done evaluated print.default()
print(foo1)

汇总法

## Summary
setGeneric("summary")

summary.foo <- function(obj) {
  print(obj)

  lapply(obj@data, dim)
}

setMethod("summary", signature= "foo",
  summary.foo)

summary(foo1) # works for this toy example. Doesn't work with my real code
# output for my real example
> Length           Class            Mode 
      1        mod_imputeMulti         S4

我认为这是对我无知的简单解决，但我不确定是什么。提前致谢！

Answer 1

S4 使用 show() 而不是打印。泛型已存在

getGeneric("show")

所以你的工作是实现一个方法

setMethod("show", "foo", function(object) {
    cat("I'm a foo\n")
})

summary 是 S3 泛型，?Methods 建议实现 S3 方法和 S4 方法

summary.foo <- function(object, ...) {
    ## implement summary.foo
    "I'm a foo"
}

setMethod("summary", "foo", summary.foo)

由于 ?Methods 中概述的原因，最后一行在 "summary" 上创建了一个 S4 泛型作为副作用；显式创建 S4 泛型可能会有用，

setGeneric("summary")

summary.foo <- function(object, ...) {
    ## implement summary.foo
    "I'm a foo"
}

setMethod("summary", "foo", summary.foo)

在设置方法之前。

如果您要实现一个全新的泛型和方法，那么代码将遵循该模式

setGeneric("bar", function(x, ...) standardGeneric("bar"))

setMethod("bar", "foo", function(x, ...) {
    ## implement 'bar,foo-method'
})

在这种情况下，无需创建 S3 泛型或 S3 方法。

正确指定 S4 泛型

properly specify S4 generics

r

generics

s4

正确的做法是什么？我做错了什么？

汇总法