R：解析和评估函数内的变量名称

Question

我有一组相当大的预测变量来进行模型选择，但是为了简单起见，这个例子将使用 mtcars 数据集。我有点不愿意采用 dredge() 方法，因为我想提高我对选择哪些预测变量以及选择原因的认识。

我编写了一个函数来遍历所有预测变量（通过 update()）进行一步选择，以便能够评估它们的效果大小（估计）和 p 值。输出应该是 data.frame，我可以很快看到所有内容。

我觉得有点尴尬。当运行 for 循环 - 在手动定义 model 和 variables （以及它周围的所有内容）之后 - 一切似乎都很好并且产生了预期的输出（见下文）。当运行函数时，update/eval/parse 似乎无法识别 variables 已被定义，因此无法计算更新后的模型。

我在这里做错了什么？
有什么改进代码的建议吗？

函数体

find_effects <- function(model, variables=NULL){
  require(car)
  estim <- NULL; p_val <- NULL; stars <- NULL; names <- NULL

  for(i in 1:length(variables)){
    original <- model
    if(is.null(variables)){
      cat("'variables' is NULL")
    } else {
      cat(paste("'variables' is not NULL, it has ", length(variables), " elements"))
    }
    updated <- update(model, . ~ . + eval(parse(text=variables[i])))
    if(length(rownames(summary(original)$coef))==length(rownames(summary(updated)$coef))){
      next
    }
    df.summary <- data.frame(estim=summary(updated)$coef[,1], names=rownames(summary(updated)$coef))
    df.Anova <- data.frame(p_val=Anova(updated, type="III")[,3], names=rownames(Anova(updated, type="III")))
    estim <- c(estim, df.summary$estim[df.summary$names=="eval(parse(text = variables[i]))"])
    p_val <- c(p_val, df.Anova$p_val[df.Anova$names=="eval(parse(text = variables[i]))"])
    stars <- symnum(p_val, corr = FALSE,
                    cutpoints = c(0, .001, .01, .05, .1, 1),
                    symbols = c("***", "**", "*", ".", " "))
    names <- c(names, variables[i])

  }
  df <- noquote(cbind(Estimate=format(estim), "Pr(>Chisq)"=format(p_val), " "=stars))
  rownames(df) <- names
  return(df)

}

library(lme4)
mpgs <- lmer(mpg ~ hp + (1|cyl), data=mtcars, REML=F)

find_effects(mpgs, colnames(mtcars[c(3, 5:11)]))

预期输出

         Estimate    Pr(>Chisq)      
    disp -0.02942650 7.331371e-05 ***
    drat  4.69815776 3.449956e-05 ***
    wt   -3.78335019 4.098811e-10 ***
    qsec -0.98805796 1.505408e-02 *  
    vs    0.04636047 9.798979e-01    
    am    5.00527293 1.506875e-06 ***
    gear  3.08916264 5.346748e-05 ***
    carb  0.33074245 6.094443e-01

Answer 1

调用函数时的更新公式如下：

mpg ~ hp + (1|cyl) + eval(parse(text = variables[i]))

表达式仅在传递给未定义变量对象的更新函数后才被计算。因此错误。

创建公式，然后将其传递给更新函数。

updated <- paste(". ~ . + ", variables[i], sep="")
updated <- update(model, updated)

R：解析和评估函数内的变量名称

R: parse and evaluate variable names within a function

r

parsing

for-loop

eval

updatemodel