Foreach 循环找不到对象

Question

我正在尝试将 foreach 与并行后端一起使用以加快计算速度（对 {AUCRF} 随机森林进行特征选择的交叉验证，如果这很重要的话）。在这样做的过程中，我需要获得向量的一个子集。向量的名称可以更改，但可以作为字符向量访问。我使用 eval(parse()) 构造（好主意？）来获取向量的一个子集。

示例：

library(parallel)
library(foreach)
library(stats)

#create cluster
clu <- makeCluster(detectCores() - 1)
registerDoParallel(clu, cores = detectCores() - 1)

bar<-c("a","b","c","d")
rab<-c(2,3)
bar.name<-"bar"

#expected output in this example is a list containing ten times
bar[rab]
#or
eval(parse(text=paste(bar.name,"[rab]",sep="")))

foo<-foreach(m = 1:10, .packages = c("stats")) %dopar% {
  sink("foreach.txt")
      print(bar.name)
      print(parse(text=paste(bar.name,"[rab]",sep="")))
      print(eval(parse(text=paste(bar.name,"[rab]",sep=""))))
  foo.temp<-eval(parse(text=paste(bar.name,"[rab]",sep="")))
  return(foo.temp)
}
sink()
stopCluster(clu)

但是我收到以下错误：

Error in { : task 1 failed - "Object 'bar' not found"

我认为每个工作人员都得到一份包含所有对象的工作区副本。知道我做错了什么吗？

Answer 1

这听起来像是一个糟糕的设计。几乎没有必要使用 eval(parse()).

要获取一个变量，get()更安全一些，比如get(bar.name)[rab]。但是您仍然运行陷入环境问题。由于您在 dopar 的正文中没有变量 bar 或 rab，因此它们不会导出到 foreach 为运行的环境中代码。您可以通过显式分配 foreach 的 .export 参数来修复该问题，以确保导出这些变量。在这里我改为使用 get 并且只需要显式导出 bar 因为 rab 现在包含在函数的框中。

foo<-foreach(m = 1:10, .export=c("bar"), .packages = c("stats")) %dopar% {
  get(bar.name)[rab]
}

一个更好的主意是指定一个命名列表的元素，而不是指定一个变量名。例如

baz <- list(bar=letters[1:4], bob=letters[5:7])

那你可以

baz.name <- "bar"
rab <- c(2,4)

foo<-foreach(m = 1:10, .packages = c("stats")) %dopar% {
  baz[[baz.name]][rab]
}

并且因为 dopar 可以看到变量 baz、baz.name 和 rab，所以您无需导出任何内容。

Foreach 循环找不到对象

Foreach loop unable to find object

r

foreach

parallel-processing

eval