Python shell 中的命令行执行或 R 脚本文件出现问题

Question

我目前正在使用 optparse 包将 R 脚本文件转换为命令行可执行文件，该文件接受 C 风格的长短标志。该计划在 Ubuntu 上运行。整个应用程序的执行由 Python 脚本控制，该脚本 (1) 首先使用 os.system 在 script.R 文件上调用 chmod，如下所示：

import os 
os.system("chmod +x script.R; export PATH=$PATH:`pwd`")

然后我尝试再次从 Python 中使用 os.system 执行程序，如下所示：

program_call = "script.R --arg1 1"
os.system(program_call)

这个returns错误：

sh: 1: script.R: not found
32512

真正令人费解的是，一天前它还运行良好，现在却出错了。我正在与其他几个人一起开发这个应用程序，所以我想知道这是否可能是由我的管理权限更改引起的。我已经验证所有必需的文件都包含在当前工作目录中。

Answer 1

第一次调用 os.system 时对 PATH 环境变量所做的更改不会延续到第二次调用，因为它是一个单独的 shell 进程。如果您改为在 Python 内修改 PATH，它应该可以工作。尝试

os.environ['PATH'] += ":" + os.getcwd()
os.system("chmod +x script.R")
program_call = "script.R --arg1 1"
os.system(program_call)

Python shell 中的命令行执行或 R 脚本文件出现问题

Trouble with command line execution or R script file from within Python shell

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