h5py 没有针对 mpi4py 正确构建

Question

我正在尝试针对 mpi4py 构建 h5py。我的目的是能够在多个处理器之间共享一个文件。 h5py 已安装在系统上，但可能未与 link 一起安装到 mpi4py。事实上，当我运行以下示例脚本时：

from mpi4py import MPI
import h5py

rank = MPI.COMM_WORLD.rank  # The process ID (integer 0-3 for 4-process run)

f = h5py.File('parallel_test.hdf5', 'w', driver='mpio', comm=MPI.COMM_WORLD)

dset = f.create_dataset('test', (4,), dtype='i')
dset[rank] = rank

f.close()

我收到错误消息：

Traceback (most recent call last):
  File "h5py_example.py", line 6, in <module>
    f = h5py.File('parallel_test.hdf5', 'w', driver='mpio', comm=MPI.COMM_WORLD)
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/h5py/_hl/files.py", line 259, in __init__
    fapl = make_fapl(driver, libver, **kwds)
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/h5py/_hl/files.py", line 61, in make_fapl
    kwds.setdefault('info', mpi4py.MPI.Info())
NameError: global name 'mpi4py' is not defined

我尝试构建 h5py 如下：

python setup.py build --mpi --hdf5=/opt/local/

但这给了我以下问题：

error: option --mpi not recognized

我也试过用 homebrew 和 pip 安装（希望 mpi4py 已经自动 linked）没有成功。

如何正确安装parallel h5py？

Answer 1

python setup.py configure --mpi --hdf5=/path_parallel_hdf5_lib/
python setup.py build
python setup.py install --prefix=/wheretoinstall_h5py
export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:/wheretoinstall_h5py

您可能还需要预安装 cython

h5py 没有针对 mpi4py 正确构建

h5py not built properly against mpi4py

python

build

h5py

mpi4py