在保留标签的同时使用 igraph 读取 'ncol' 格式

Question

我需要一种自动读取 'ncol' 格式（边缘列表）同时保留标签的方法。

例如：

给出小-graph.edgelist:

图表：

我试试：

import igraph
g = igraph.read("smallgraph.edgelist", format="ncol", directed=False, names=True)

但是这个函数不保留标签!!!!

这个函数产生的输出：

for edge in g.es():
    print edge.tuple[0], edge.tuple[1], edge["weight"]

0 1 0.47
0 2 0.67
0 3 0.98
0 4 0.12
0 5 0.82
0 6 0.34 -> e.g.: Considering the original labels here should be '0 10 0.34'
1 2 0.94
1 3 0.05
1 4 0.22
2 3 0.24
2 4 0.36
3 4 0.69
5 7 0.97
5 8 0.44
5 9 0.43
5 10 0.37
6 11 0.22
6 12 0.59
7 8 0.49
7 9 0.83
7 10 0.55
8 9 0.39
8 10 0.68
9 10 0.73
11 13 0.4
12 14 0.81
13 14 0.78

输出：

输入文件的标签（small-graph.edgelist）没有被保留。

我认为这样的方法可行：

g = igraph.Graph()
g.add_vertices(15)
g = igraph.read("input/small-graph.edgelist", format="ncol", directed=False, names=True)

但这行不通，我不知道该怎么做。有谁知道如何保留原始标签？

Answer 1

保留原始标签，但它们存储在 name 顶点属性中。像往常一样阅读图表后试试这个：

names = g.vs["name"]
for edge in g.es:
    print names[edge.tuple[0]], names[edge.tuple[1]], edge["weight"]

更新：如果您绝对确定您的文件只包含从零开始的连续数字 ID（即如果您有 n个顶点那么你的ID从0到n-1)，你可以这样做：

edges, weights = [], []
for line in open("input_file.txt"):
    u, v, weight = line.split()
    edges.append((int(u), int(v)))
    weights.append(float(weight))
g = Graph(edges, edge_attrs={"weight": weights})

Answer 2

根据 Tamás 对文件仅包含从零开始的连续数字 ID 的情况的更新答案，仅进行了一点改进。这适用于有向图并处理某些情况，例如可能没有从 0 到任何其他顶点的边：

read_edges(num_vertices,input_graph):
   g = Graph(directed=True)
   g.add_vertices(list(range(0,num_vertices)))
   for line in open(input_graph):
      u, v= line.split()
      g.add_edge(int(u), int(v))
   return g

在保留标签的同时使用 igraph 读取 'ncol' 格式

Using igraph for read 'ncol' format while preserving labels

python

igraph