根据管道输出终止 Bash 脚本

Question

我编写了以下 shell 脚本：

#!/bin/bash


counter=0

while [ $counter -lt 250 ]; do
        perl Cumulative_Percentage.pl TP53.lst T1_endo.maf >> OutFile
        perl Optimize_Panel.pl TP53.LST T1_endo.maf >> TP53.lst 
        let counter=counter+1
done

而且效果很好。问题是它经常运行经历比它需要的更多的循环。如果循环应该继续，Perl 脚本 Optimize_Panel.pl 打印一行，如果循环应该停止，则不打印就退出。 如果 Optimize_Panel.pl 退出而不是打印 ，我希望 while 循环终止...但是如何呢？

我能想到的一个可能的解决方案是运行

wc TP53.lst

在循环的开始和结束；首先将它设置为一个变量然后检查它是否增加然后导致它过早 done 声明如果 TP53.lst 没有被追加。我相信这可以工作，但感觉很笨拙，我怀疑有一种更简单的方法来修改 shell 脚本。

我能想到的另一种方法是将 Optimize_Panel.pl 的输出通过管道传输到一个临时文件中，然后以某种方式检查该文件是否为空。

有什么想法吗？

Answer 1

您可以捕获变量中的输出，然后在该变量为零长度时跳出循环。

while [ $counter -lt 250 ]; do
    perl Cumulative_Percentage.pl TP53.lst T1_endo.maf >> OutFile
    output=$(perl Optimize_Panel.pl TP53.LST T1_endo.maf)
    [ -z "$output" ] && break
    echo "$output" >> TP53.lst 
    let counter=counter+1
done

Answer 2

简单破解（如果 perl 脚本没有产生有意义的退出状态）：

perl Optimize_Panel.pl TP53.LST T1_endo.maf | grep . >> TP53.lst || break

grep . 匹配任何非空行，因此它是一种删除空行的方法。但它也是一种检测是否有非空行的方法；恰恰在没有的情况下它会失败。当然，如果 perl 脚本提供适当的退出状态代码（0 表示成功；非零表示失败）会好得多，在这种情况下，您可以省略 | grep . hack。）

顺便说一句，您可以使用 bash 的算术 for 语句使您的脚本可能更具可读性：

for ((counter=0; counter < 250; ++counter)); do
    perl Cumulative_Percentage.pl TP53.lst T1_endo.maf >> OutFile
    perl Optimize_Panel.pl TP53.LST T1_endo.maf |
      grep . >> TP53.lst || break;
done

根据管道输出终止 Bash 脚本

Terminate Bash script dependent on piped output

bash

shell

perl

terminate