更改 R 中 ggplot2 系数图中 select 行的颜色

Question

我想根据 R 中的 ggplot2 系数图中的点估计是负数还是正数来更改系数线的颜色。例如：

require(coefplot)
set.seed(123)
dat <- data.frame(x = rnorm(100), z = rnorm(100))
mod1 <- lm(y1 ~ x + z, data = dat)
coefplot.lm(mod1)

产生以下情节：

在此图中，我想在绘制时将 "x" 变量更改为红色。有任何想法吗？谢谢。

Answer 1

我认为，你不能用 coefplot.lm 制作的情节来做到这一点。包 coefplot 使用 ggplot2 作为绘图系统，这本身很好，但不允许像你想的那样轻松地玩颜色。为了获得所需的颜色，您需要在数据集中有一个变量来对值进行颜色编码；您需要在使用 CE 绘制点的层内的 aes() 函数中指定 color = color-code。显然，这对于 coefplot.lm 函数的输出是不可能的。也许，您可以使用 ggplot2 ggplot_build() 函数更改颜色。我会说，为此任务编写自己的函数更容易。

我已经这样做过一次来计算赔率。如果你愿意，你可以使用我的代码。随意更改它。这个想法与coefplot中的相同。首先，我们从模型对象中提取系数并准备用于绘图的数据集；第二，其实剧情。

提取系数和准备数据集的代码

df_plot_odds <- function(x){
tmp<-data.frame(cbind(exp(coef(x)), exp(confint.default(x))))
odds<-tmp[-1,]
names(odds)<-c('OR', 'lower', 'upper')
odds$vars<-row.names(odds)
odds$col<-odds$OR>1
odds$col[odds$col==TRUE] <-'blue'
odds$col[odds$col==FALSE] <-'red'
odds$pvalue <- summary(x)$coef[-1, "Pr(>|t|)"]
return(odds)
}

绘制提取函数的输出

plot_odds <- function(df_plot_odds, xlab="Odds Ratio", ylab="", asp=1){
    require(ggplot2)
    p <- ggplot(df_plot_odds, aes(x=vars, y=OR, ymin=lower, ymax=upper),asp=asp) + 
        geom_errorbar(aes(color=col),width=0.1) + 
        geom_point(aes(color=col),size=3)+
        geom_hline(yintercept = 1, linetype=2) +
        scale_color_manual('Effect', labels=c('Positive','Negative'),
                          values=c('blue','red'))+   
        coord_flip() +
        theme_bw() +
        theme(legend.position="none",aspect.ratio = asp)+
        ylab(xlab) +
        xlab(ylab) #switch because of the coord_flip() above
    return(p)
}

绘制您的示例

set.seed(123)
dat <- data.frame(x = rnorm(100),y = rnorm(100), z = rnorm(100))
mod1 <- lm(y ~ x + z, data = dat)
df <- df_plot_odds(mod1)
plot <- plot_odds(df)
plot

产生

请注意，我选择 theme_wb() 作为默认值。输出是一个 ggplot2 对象。所以，你可能会改变很多。

更改 R 中 ggplot2 系数图中 select 行的颜色

Change colors of select lines in ggplot2 coefficient plot in R

r

plot

ggplot2

coefplot

提取系数和准备数据集的代码

绘制提取函数的输出

绘制您的示例