在 python 中的较大序列中随机寻找特定长度的小序列

Question

我想从一个更大的序列中随机寻找一个长度为4的子序列。

我尝试了以下代码：

import system
import random

    X = 'ATGCATGCTAGCTAGTAAACGTACGTACGTACGATGCTAATATAGAGGGGCTTCGTACCCCTGA'
    Y = [random.choice(X) for i in range(4)]
    print(Y)

但它从 X 中选择了 4 个不同的元素，而不是连续长度为 4 的序列。

Answer 1

与其尝试使用 random.choice 从 X 中选择一个字符，如果您想要连续长度为 4 的序列，请选择 0 和 X 长度之间的索引 - 4 ，并从该索引中取出 4 个元素。例子-

>>> X = 'ATGCATGCTAGCTAGTAAACGTACGTACGTACGATGCTAATATAGAGGGGCTTCGTACCCCTGA'
>>> import random
>>> i = random.randint(0,len(X)-4)
>>> X[i:i+4]
'TGCA'
>>> i
1

Answer 2

您可以随机 select 一个起始索引，然后使用切片提取该子字符串

def random_slice(s, n):
    index = random.randint(0, len(s)-n)
    return s[index : index + n]

>>> random_slice(X, 4)
'GCTA'
>>> random_slice(X, 4)
'CGTA'
>>> random_slice(X, 4)
'TATA'
>>> random_slice(X, 4)
'AGCT'

在 python 中的较大序列中随机寻找特定长度的小序列

randomly seek a small sequence of a particular length in a larger sequence in python

python

random

choice