Netcdf java library for reading HDf5 错误

Question

我是 netcdf 库的新手，我目前正在使用它从 java 中的 hdf5 文件中读取元数据。看了之后，觉得netcdf是个不错的库，适合自己用，就用了。

但是在第一步中当我尝试读取文件时它抛出一个错误

LOGGER.debug("Inside Try");
//InputStream fileStream = new FileInputStream(h5File);
                //parser.parse(fileStream, handler, metadata);

  LOGGER.debug("path is :"+ h5File.getPath());
   NetcdfFile hf5File = NetcdfFile.open(h5File.getPath());



    LOGGER.debug("Got NetCdFile");

我假设问题发生在我尝试打开它时，正如它所说的那样：

Inside Try 13:42:04.393 [main] DEBUG e.k.n.c.m.e.HDF5MetadataExtractor - path is :/var/www/webdav/admin/1151/data/XXXX.h5 13:42:04.495 [main] DEBUG ucar.nc2.NetcdfFile - Using IOSP ucar.nc2.iosp.hdf5.H5iosp 13:42:04.544 [main] ERROR ucar.nc2.iosp.hdf5.H5header - shape[0]=0 must be > 0

我的 Hd5f 是一个二维整数数组，我对数组本身不感兴趣，但对与文件关联的元数据组感兴趣。

Answer 1

NetCDF-4 创建 HDF5 文件，这是真的。 HDF5库可以读取NetCDF-4生成的HDF5格式的文件，但是NetCDF-4不能读取任意的HDF5文件。

您可能在 Netcdf-Java 中发现了错误，或者您有一个奇怪的 HDF5 文件。您确认此文件没有以某种方式损坏吗？我会尝试的事情： - 使用 C 实用程序 'ncdump -h' 检查 header - 使用 HDF5 C 实用程序 'h5dump -H' 通过 HDF5

检查文件

如果这两个命令都给出了合理的输出，那么问题可能在于 netcdf-java。

Answer 2

Netcdf-Java 是一个纯粹的 Java 实现，可以读取大多数 HDF5 文件，详细信息在这里：http://www.unidata.ucar.edu/software/thredds/current/netcdf-java/CDM/index.html#HDF5

如果您发现失败，请向 netcdf-java@unidata.ucar.edu 提交错误报告（和文件！）（必须在此处注册：http://www.unidata.ucar.edu/support/index.html#mailinglists）。但首先确保你已经尝试过最新版本（目前是 4.6.3）。

Netcdf-Java 可以通过 JNI 接口向 netcdf-4 C 库写入 netCDF-4 文件（HDF5 文件）。 HDF5 java 库也是 JNI 接口，除了直接连接到 HDF5 C 库。 HDF5 java 库不能写入 netCDF4 文件（除非你真的知道你在做什么）因为 HDF5 没有实现共享维度，这对 netCDF 数据模型是必不可少的。

对于地球科学，这导致了您应该编写 netCDF-4 而不是直接 HDF5 的论点（免责声明：由我提出），详情请参见：http://www.unidata.ucar.edu/blogs/developer/en/entry/dimensions_scales.

好吧，这可能比您想要的要多；^)

Netcdf java library for reading HDf5 错误

Netcdf java library for reading HDf5 error

java

hdf5

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