Python 中的 tifffile 不写 16 位 tiff

Question

我查找了重复项，但不确定类似问题是否有答案...

我在 Python 中使用 tifffile 读取多页 tiff（16 位），获取第一个通道 page/channel，对其进行模糊处理并将其保存为 16 位 tiff。

import os
import matplotlib.pyplot as plt
import tifffile as tiff
from scipy import misc

tiff_list = []

for i in files_list[0]:
    tiff_list.append(tiff.imread('/filepath_to_tiff_folder/'+i))

blurred_list = []

for i in tiff_list:
    blurred_list.append(ndimage.gaussian_filter(i[0], sigma=3))

for i,v in enumerate(blurred_list):
    misc.imsave('/filepath/testblur2/'+str(files_list[0][i])+'_Brightfield_Blur.tif', v)

这里，files_list只是tiff文件名的列表。

上面的代码非常适合模糊和保存 tiff，但它会将其保存为 8 位。

我可以添加上面的内容以保持 16 位，还是我必须使用其他方法？

Answer 1

您正在使用 scipy 而不是 tifffile 来保存图像。

使用tifffile.imsave保存16位图片，例如：

from glob import glob
from scipy import ndimage
from tifffile import imread, imsave

for filename in glob('*.tif'):
    i = imread(filename)
    i = ndimage.gaussian_filter(i[0], sigma=3)
    imsave('blurred_' + filename, i)

Python 中的 tifffile 不写 16 位 tiff

tifffile in Python not writing 16bit tiff

python

tiff

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