在 runjags 输出中绘制特定变量

Question

绘制 runjags 输出时，当许多其他变量具有相似名称时，如何绘制单个特定变量？在 vars 参数中提供带引号的变量名称似乎并没有做到这一点（它仍然提供所有部分匹配）。

这是一个简单的可重现示例。

N <- 200
nobs <- 3
psi <- 0.35
p <- 0.45
z <- rbinom(n=N, size=1,prob=psi)
y <- rbinom(n=N, size=nobs,prob=p*z)

sink("model.txt")
cat("
model {
for (i in 1:N){
    z[i] ~ dbern(psi)
    pz[i] <- z[i]*p
    y[i] ~ dbin(pz[i],nobs) 
    } #i
psi ~ dunif(0,1)
p ~ dunif(0,1)
}                                                   
",fill = TRUE)
sink()

m <-list(y=y,N=N,nobs=nobs)
inits <- function(){list(psi=runif(1),p=runif(1),z=as.numeric(y>0))}  
parameters <- c("p","psi")

ni <- 1000
nt <- 1
nb <- 200
nc <- 3
ad <- 100

library(runjags)

out <- run.jags(model="model.txt",monitor=parameters,data=m,n.chains=nc,inits=inits,burnin=nb,
    sample=ni,adapt=ad,thin=nt,modules=c("glm","dic"),method="parallel")

windows(9,4)
plot(out,plot.type=c("trace","histogram"),vars="p",layout=c(1,2),new.window=FALSE)

Answer 1

应该可以对变量进行双引号以获得精确匹配，但这似乎被破坏了。也应该可以为 vars 指定一个逻辑向量，但这似乎被 plot 方法打破了……多么尴尬。以下确实有效：

# Generate a logical vector to use with matching variable names:
variables <- extract(out, 'stochastic')
variables['psi'] <- FALSE

# Add summary statistics only for the specified variables and pre-draw plots:
out2 <- add.summary(out, vars=variables, plots=TRUE)

plot(out2, plot.type=c("trace","histogram"))

我会在下一个版本中修复其他问题。

马特

在 runjags 输出中绘制特定变量

Plotting specific variable in runjags output

plot

runjags