在连接到 PostgreSQL 的 Shiny 应用程序中设置数据刷新

Question

我查看了 this and this 线程和其他一些线程，但未能找到我的解决方案。

我已经使用 R 和 Shiny 构建了一个仪表板，并且说仪表板使用 RPostgreSQL 包从 Postgres 数据库中提取数据。现在，所有数据拉取和分析的代码都在 shinyServer 函数之外完成，只有显示部分（ output 和 render 函数）在 shinyServer 部分。我想对其进行设置，以便定期刷新仪表板数据并更新图表。我研究了 reactivePoll 和 invalidateLater 并理解了它们，但不太清楚如何在我的代码中实现它。

这是一个简化的例子server.R代码：

library(RPostgreSQL)

drv <- dbDriver("PostgreSQL")
con <- dbConnect(drv, host='host', port='12345', dbname='mydb',
                 user='me', password='mypass')

myQuery <- "select * from table"
myTable <- dbGetQuery(con, myQuery)

foo <- nrow(myTable)
bar <- foo * 2

shinyServer(
  function(input, output, session) {
    output$foo <- renderText(foo)
    output$bar <- renderText(bar)

    session$onSessionEnded(function(){
      dbDisconnect(con)
      dbDisconnect(con2)
      dbUnloadDriver(drv)
    })
  }
)

现在，如果我希望 foo 定期更新，则需要我刷新我也有的 dbGetQuery 命令，但我不知道如何让它们一起工作。我是否需要重新格式化并将所有内容放入 shinyServer 函数中？我有大约 250 行代码，把它们全部扔进去感觉不对，只是把数据拉取部分放在那里可能会打乱事物的顺序。任何帮助表示赞赏。

Answer 1

我会使用 reactivePoll 而不是 invalidateLater，因为它只会在有新数据的情况下重新获取整个数据。

然而，没有办法将获取数据的代码放入 shinyServer，因为您的后续计算取决于（反应性）数据。

免责声明：我没有任何使用 SQL 的经验，由于缺乏合适的数据库，我无法测试我的代码，但根据我的理解shiny 以下代码应该有效。

library(RPostgreSQL)

drv <- dbDriver("PostgreSQL")
con <- dbConnect(drv, host='host', port='12345', dbname='mydb',
                 user='me', password='mypass')

check_for_update <- function() {
  dbGetQuery(con, "SELECT MAX(timestamp) FROM table") # edit this part in case
  # the syntax is wrong. the goal is to create an identifier which changes
  # when the underlying data changes
}
get_data <- function() {
  dbGetQuery(con, "select * from table")
}
close_connection <- function() {
  dbDisconnect(con)
  dbUnloadDriver(drv)
}

shinyServer(
  function(input, output, session) {
    # checks for new data every 10 seconds
    data <- reactivePoll(10000, session,
                         checkFunc = check_for_update,
                         valueFunc = get_data)

    # the outputs will only be refreshed in case the data changed
    output$foo <- renderText({
      nrow(data())
    })
    output$bar <- renderText({
      bar <- data() * 2
    })

    session$onSessionEnded(close_connection)
  }
)

根据您应用的结构，将计算封装到一个单独的 reactive 中可能会有所帮助，您可以在多个地方重复使用它。

可以在此 tutorial.

中找到有关使用 shinyApps 执行代码的一些说明

如果您运行遇到任何问题，请发表评论，我会尝试相应地更新我的 post。

在连接到 PostgreSQL 的 Shiny 应用程序中设置数据刷新

Setting up data refreshing in Shiny app connected to PostgreSQL

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reactive-programming

rpostgresql