是否可以在 BLAST 2.2.26 输出文件中增加一个相似度百分比列？

Question

我正在使用独立的 BLAST 程序，我有一个查询序列以及一个本地创建的数据库。作为输出文件，有一个叫做 %identity 的东西可以识别精确的字符匹配，有没有办法添加一个 % 相似度的列？任何帮助将不胜感激。

Answer 1

我假设您使用的是 BLAST+，并且相似度百分比是指得分为正的匹配项百分比。有一个名为 ppos 的格式说明符，它将 return % 正面得分匹配。该值与您在网络上完成的 BLAST 中看到的 Positives 值相匹配。

这是一个示例命令行：

blastp -query protein.fa -db proteindb -outfmt '6 std ppos' 

前 12 个字段将是查询名称、主题名称等的 std 输出。第 13 个字段将是正面得分匹配的百分比。