FastqGeneralIterator 输出

Question

我正在使用 FastqGeneralIterator，但我发现它从 fastq 文件的第一行删除了 @ 并且还删除了第三行的信息（它删除了整个第三行）。我通过以下方式在第一行添加了@：

for line in open("prova_FiltraN_CE_filt.fastq"):
fout.write(line.replace('SEQ', '@SEQ'))

我还想添加第 3 行，它以 + 开头，之后什么也没有。例如：

    @SEQILMN0
    TCATCGTA....
    +
    #<BBBFFF.....

有人可以帮助我吗？

Answer 1

可以使用，String Formatting Operations %

from Bio.SeqIO.QualityIO import FastqGeneralIterator
with open("prova_FiltraN_CE_filt.fastq", "rU") as handle:
    for (title, sequence, quality) in FastqGeneralIterator(handle):
        print("@%s\n%s\n+\n%s" % (title, sequence, quality))

你得到 fastq 打印格式，使用 FastqGeneralIterator

@SEQILMN0
TCATCGTA....
+
#<BBBFFF....

FastqGeneralIterator 输出

FastqGeneralIterator Output

biopython

fastq