运行 Python Markdown 代码

Question

有很多关于在 Markdown 文档中使用 Python 代码的信息。但这一切似乎都是为了展示 Python 片段，而不是创建美观的文档。

我可以不将 Python 和 Markdown 结合在一个文档中，就像您可以结合 R 和 Markdown 一样吗？

MWE：

Output some text from Python in **Markdown**:
```python
from sklearn.datasets import load_iris
from sklearn import tree
iris = load_iris()
clf = tree.DecisionTreeClassifier()
clf = clf.fit(iris.data, iris.target)
print(clf.predict_proba(iris.data[:1, :]))
```

编译：markdown_py markdown.txt

<p>Output some text from Python in <strong>Markdown</strong>:
<code>python
from sklearn.datasets import load_iris
from sklearn import tree
iris = load_iris()
clf = tree.DecisionTreeClassifier()
clf = clf.fit(iris.data, iris.target)
clf.predict_proba(iris.data[:1, :])</code></p>

它显示代码（很酷），但实际上运行它没有。

你不能运行 Python Markdown 代码吗？如果没有，还有哪些替代方案？

（使用 Ubuntu 中的 python-markdown 包。）

Answer 1

好吧，我刚刚找到了解决方案：

将块用作：

<<engine='python', engine.path='python3'>>=
# python code
@

engine.path 默认使用 python 可执行文件，在大多数 Linux 系统中仍然是 python2。如果需要可以省略 Python 2.
如果您想省略代码打印输出，请不要忘记传递 echo=FALSE，以及 results='asis'，这样它就不会尝试转义输出。

您可以在文档的开头使用以下块来设置默认值：

<<r setup, include=FALSE>>=
knitr::opts_chunk$set(echo=FALSE, engine='whathaveyou', ...)
@

将文件另存为markdown.Rmd，并使用R 和knitr 对其进行编译。它将运行 Python 代码使用 python.

R 命令：rmarkdown::render('markdown.Rmd','output.html')

或者直接使用RStudio.

附录： 原生解决方案显然是 Pweave：它适用于 latex 和 markdown。不过我还没试过。

Answer 2

截至 2018 年，CRAN-package reticulate 提供了更好的解决方案。

'Python' 模块、类和函数的接口。调用 'Python' 时，R 数据类型会自动转换为其等效的 'Python' 类型。当值从 'Python' 返回到 R 时，它们将转换回 R 类型。兼容所有版本 'Python' >= 2.7.

Answer 3

Zen knit 是 Python 的 RMarkdown 替代品。报告示例位于 https://github.com/Zen-Reportz/zen_knit/tree/main/doc/example

它支持直接从 python 或类似于 .Rmd 的 .pyz 文件创建报告。

当前功能

Python 3.7+ 兼容性
支持 IPython 魔法和丰富的输出。
在块中执行 python 代码并将输入和输出捕获到报告。
使用隐藏代码块，即执行代码，但不在输出文件中打印。
捕获 matplotlib 图形。
评估使用 `{ }
标记的文档块中的内联代码
从 Python 脚本发布报告。类似于 R 降价。
使用 plotly 的交互式绘图
将其整合到您的流程中。它将满足您的需要，而不是您需要针对工具进行调整。（您可以直接使用 python 生成报告。示例 here）
自定义 CSS 支持（HTTP 和本地文件）

运行 Python Markdown 代码

Running Python code in Markdown

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