加载包 pi0。一个问题

Question

我正在尝试使用依赖项为 true (http://cran.r-project.org/web/packages/pi0/pi0.pdf) 的包 pi0 以创建一个 t.test 矩阵，正如内部报告的那样-r.org.

加载我得到的包：

Library ('pi0') Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]) : there is no package called ‘qvalue’ Error: package or namespace load failed for ‘pi0’

运行此代码：

set.seed(9992722)
dat=matrix(rnorm(30),3,10)
(pvals=matrix.t.test(dat,1,5,5)) # [1] 0.2112825 0.8366920 0.2891014
(pvals2=apply(dat,1,function(xx)t.test(xx[1:5],xx[6:10],var.equal=TRUE)$p.val))
all.equal(pvals,pvals2) ## TRUE

我得到：

Error: could not find function "matrix.t.test"

你有什么解决办法吗？

Answer 1

包 pi0 导入包 qvalue。不幸的是，包 qvalue 已从 CRAN 存储库中删除。因此，当您尝试加载 pi0 包时收到错误消息。

来自 pi0 的 DESCRIPTION 文件：

Imports: Matrix (>= 1.0-0), numDeriv, limSolve (>= 1.5.2), rgl, scatterplot3d, qvalue, Iso(>= 0.0-5), quadprog (>= 1.5-3), kernlab

软件包 qvalue 现在可以从 Bioconductor 获得。您可以使用以下命令安装此软件包。

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("qvalue")

现在，您可以加载包 pi0，您的代码将运行没有任何问题。

library(pi0)

加载包 pi0。一个问题

Loading Package pi0. An issue

r

install.packages

pi0