如何在 Python 中拟合双高斯分布？

Question

我正在尝试使用 Python 获得数据 (link) 的双高斯分布。原始数据的形式为：

对于给定的数据，我想获得图中所示峰值的两个高斯分布。我尝试使用以下代码 (source):

from sklearn import mixture
import matplotlib.pyplot
import matplotlib.mlab
import numpy as np
from pylab import *
data = np.genfromtxt('gaussian_fit.dat', skiprows = 1)
x = data[:, 0]
y = data[:, 1]
clf = mixture.GMM(n_components=2, covariance_type='full')
clf.fit((y, x))
m1, m2 = clf.means_
w1, w2 = clf.weights_
c1, c2 = clf.covars_
fig = plt.figure(figsize = (5, 5))
plt.subplot(111)
plotgauss1 = lambda x: plot(x,w1*matplotlib.mlab.normpdf(x,m1,np.sqrt(c1))[0], linewidth=3)
plotgauss2 = lambda x: plot(x,w2*matplotlib.mlab.normpdf(x,m2,np.sqrt(c2))[0], linewidth=3)
fig.savefig('gaussian_fit.pdf')

但我无法获得所需的输出。那么，如何在Python中得到双高斯分布呢？

更新

我能够使用以下代码拟合单个高斯分布：

import pylab as plb
import matplotlib.pyplot as plt
from scipy.optimize import curve_fit
from scipy import asarray as ar,exp
import numpy as np

data = np.genfromtxt('gaussian_fit.dat', skiprows = 1)
x = data[:, 0]
y = data[:, 1]
n = len(x)
mean = sum(x*y)/n
sigma = sum(y*(x-mean)**2)/n


def gaus(x,a,x0,sigma):
    return a*exp(-(x-x0)**2/(2*sigma**2))


popt,pcov = curve_fit(gaus, x, y ,p0 = [1, mean, sigma])


fig = plt.figure(figsize = (5, 5))
plt.subplot(111)
plt.plot(x, y, label='Raw')
plt.plot(x, gaus(x, *popt), 'o', markersize = 4, label='Gaussian fit')
plt.xlabel('X')
plt.ylabel('Y')
plt.legend()
fig.savefig('gaussian_fit.pdf')

Answer 1

您不能为此使用 scikit-learn，因为您处理的不是要估计其分布的一组样本。您当然可以将曲线转换为 PDF，对其进行采样，然后尝试使用高斯混合模型对其进行拟合，但这对我来说似乎有点矫枉过正。

这是一个使用简单的最小二乘曲线拟合的解决方案。为了让它工作，我必须删除背景，即忽略所有带有 y < 5 的数据点，并为 leastsq 提供一个好的起始向量，可以从数据图中估计它。

寻找起始向量

用最小二乘法求出的参数向量就是向量

params = [c1, mu1, sigma1, c2, mu2, sigma2]

这里，c1和c2是两个高斯分布的比例因子，即高度，mu1和mu2是平均值，即水平位置峰值和 sigma1 和 sigma2 确定高斯宽度的标准偏差。为了找到一个起始向量，我只是查看了数据图并估计了两个峰的高度（分别为 = c1、c2）及其水平位置（= mu1、 mu1，分别）。 sigma1 和 sigma2 被简单地设置为 1.0。

代码

from sklearn import mixture
import matplotlib.pyplot
import matplotlib.mlab
import numpy as np
from pylab import *
from scipy.optimize import leastsq

data = np.genfromtxt('gaussian_fit.dat', skiprows = 1)
x = data[:, 0]
y = data[:, 1]

def double_gaussian( x, params ):
    (c1, mu1, sigma1, c2, mu2, sigma2) = params
    res =   c1 * np.exp( - (x - mu1)**2.0 / (2.0 * sigma1**2.0) ) \
          + c2 * np.exp( - (x - mu2)**2.0 / (2.0 * sigma2**2.0) )
    return res

def double_gaussian_fit( params ):
    fit = double_gaussian( x, params )
    return (fit - y_proc)

# Remove background.
y_proc = np.copy(y)
y_proc[y_proc < 5] = 0.0

# Least squares fit. Starting values found by inspection.
fit = leastsq( double_gaussian_fit, [13.0,-13.0,1.0,60.0,3.0,1.0] )
plot( x, y, c='b' )
plot( x, double_gaussian( x, fit[0] ), c='r' )

如何在 Python 中拟合双高斯分布？

How to fit a double Gaussian distribution in Python?

python

numpy

gaussian

scipy

scikit-learn

寻找起始向量

代码