在 ubuntu 上重现 CRAN GCC-UBSAN 测试结果 'at home'

Question

我正在为这个问题挠头。如何重现 CRAN's gcc ubsan tests of my package at home, on ubuntu? (the instructions on the preparation steps come from here)

的结果

1) 我安装-更新所有需要的包：

apt-get update
apt-get install bash-completion bison debhelper default-jdk g++ gcc gfortran groff-base libblas-dev libbz2-dev libcairo2-dev libcurl4-openssl-dev libjpeg-dev liblapack-dev liblzma-dev libncurses5-dev libpango1.0-dev libpcre3-dev libpng-dev libreadline-dev libtiff5-dev libx11-dev libxt-dev mpack subversion tcl8.5-dev texinfo texlive-base texlive-extra-utils texlive-fonts-extra texlive-fonts-recommended texlive-generic-recommended texlive-latex-base texlive-latex-extra texlive-latex-recommended tk8.5-dev valgrind x11proto-core-dev xauth xdg-utils xfonts-base xvfb zlib1g-dev

2) 使用所需选项构建 Rdevel：

cd /tmp
svn co http://svn.r-project.org/R/trunk R-devel 
cd /tmp/R-devel 
R_PAPERSIZE=letter R_BATCHSAVE="--no-save --no-restore" PAGER=/usr/bin/pager  PERL=/usr/bin/perl  R_UNZIPCMD=/usr/bin/unzip  R_ZIPCMD=/usr/bin/zip  R_PRINTCMD=/usr/bin/lpr  LIBnn=lib  AWK=/usr/bin/awk  CFLAGS="-pipe -std=gnu99 -Wall -pedantic -O2"  CXXFLAGS="-pipe -Wall -pedantic -O2"  CC="gcc -fsanitize=address,undefined"  CXX="g++ -fsanitize=address,undefined"  CXX1X="g++ -fsanitize=address,undefined"  FC="gfortran -fsanitize=address,undefined"  F77="gfortran -fsanitize=address,undefined" ./configure --enable-R-shlib --without-blas --without-lapack --with-readline --without-recommended-packages --program-suffix=dev --disable-openmp 
make 
make install 
make clean

3) 最后，build/compile 在本地使用 as-cran 标志表示包：

wget https://cran.r-project.org/src/contrib/FastRCS_0.0.6.tar.gz
tar -xvzf FastRCS_0.0.6.tar.gz
Rdevel CMD check --as-cran FastRCS

但我没有收到与 cran 上相同的错误报告（参见 here）。我的意思是例如这个：

/usr/local/gcc5/lib/gcc/x86_64-unknown-linux-gnu/5.2.0/include/emmintrin.h:140:21: runtime error: load of misaligned address 0x61800007fc84 for type 'const double', which requires 8 byte alignment
0x61800007fc84: note: pointer points here
  00 00 80 3f 00 00 80 3f  00 00 80 3f 00 00 80 3f  00 00 80 3f 00 00 80 3f  00 00 80 3f 00 00 80 3f

我使用的脚本有什么问题？

Answer 1

这是可行的，但需要做很多工作。它也是docker非常擅长的东西的主要候选者。所以我创建了两个不同的 Docker 容器：

相应的 Docker 图片已在 the Docker hub 上供您下载。

我也写了一篇longer blog post about this for UBSAN.

Answer 2

另一个开箱即用的解决方案似乎正在使用 r-hub package / service，其工作方式与 devtools::check() 类似，您只需要运行

rhub::check_with_sanitizers()

Answer 3

您还可以在本地使用 R-hub Docker 图像，特别是 thanks to helper functions of the rhub package。不过，这些功能还不适用于 Windows。

免责声明：我是 rhub 包的贡献者。

在 ubuntu 上重现 CRAN GCC-UBSAN 测试结果 'at home'

Reproducing CRAN GCC-UBSAN test results 'at home' on ubuntu

ubuntu

r

cran