'ape' 系统发育 gls - 警告消息，数据与树的顺序不同

Question

您好 – 我正在对蜥蜴数据进行系统发育分析。我已经将系统发育树导入到 R 中的“ape”包中。对于两个物种，我缺少数据，所以我使用 drop.tip 函数通过这样做将树数据与物种特征数据相匹配：

tree.anole <- drop.tip(tree.anole, “Green”)
tree.anole <- drop.tip(tree.anole, “Brown”)

但是，当我随后尝试运行系统发育 gls 时，我收到一条 warning/error 消息。这是代码以及会发生什么：

tree <- tree.anole
bm.anole <- corBrownian(phy=tree)
XY <- data.frame(Y,  X)
Z <- gls(Y ~ X, correlation=corBrownian(phy=tree), data = XY

Warning message:
In Initialize.corPhyl(X[[1L]], …) :
   Rownames in data frame do not match tree tip names; data taken to be in the same order as in tree

我猜测 gls 函数没有考虑前面提到的 drop.tip 命令。有没有一种方法可以对此进行编码，以便 gls 将数据框与树相匹配，同时考虑到缺少数据的两个物种？提前致谢。

Answer 1

阅读错误消息：它表示您的数据框的行名与树的尖端名称不匹配。这是因为您的数据框没有行名。您可以使用 row.names(XY) <- 设置行名称并提供名称向量。

'ape' 系统发育 gls - 警告消息，数据与树的顺序不同

'ape' phylogenetic gls - warning message, data not in same order as tree

r

phylogeny