计算多个 fasta 文件中的出现适配器

Question

我在一个文件夹中有 30 个 fastq 文件，我想知道我可以在这些文件中的哪个文件中找到特定的适配器（这样我就可以弄清楚它实际上是哪个样本）。

我写了一个小的 biopython 脚本，但它一次只能查看一个文件，我想同时计算每个文件的出现次数。谁能帮我改进脚本？

 from Bio import SeqIO
 adaptor = (rec for rec in \
                SeqIO.parse("file.fastq", "fastq") \
                if rec.seq.startswith("TGA"))`
    count = SeqIO.write(adaptor, "adaptor.fastq", "fastq")
    print("Saved %i adaptor" % count)

Answer 1

from Bio import SeqIO
fnames = ["file.fastq", "file1.fastq", "file2.fastq"]
for fname in fnames:
    adaptor = (rec for rec in \
                    SeqIO.parse(fname, "fastq") \
                    if rec.seq.startswith("TGA"))
    count = SeqIO.write(adaptor, "adaptor.fastq", "fastq")
    print("Saved %i adaptor in file %s" %(count, fname))

计算多个 fasta 文件中的出现适配器

Count occurence adaptor in multiple fasta file

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