将 SBML 模型转换为可模拟的 Matlab 函数
Converting SBML model into a simulatable Matlab Function
我正在寻找将 SBML 模型转换为 Matlab 函数的工具。我试过来自 libSBML 的 SBMLTranslate() 函数，但是这个 returns 是一个 Matlab 结构，而不是一个函数。有人知道这样的工具是否存在吗？谢谢
至少有三个方向的努力：
- Frank Bergmann 提供 online service for SBML translation where you can upload an SBML file and it will generate a MATLAB file. The comments at the top of the generated MATLAB file explain how to use the results. The C++ source code is available on SourceForge。
- Stanley Gu 使用上面引用的 Bergmann 代码创建了 sbml2matlab，一个 Windows 独立程序。副手，我不知道 Gu 的版本是否改变或增强了 Bergmann 版本使用的算法，但它 似乎 可能。 （注：据我所知，Gu 现在在 Google 工作，不再维护此代码。）
- Systems Biology Format Converter (SBFC) is a framework written principally by Nicolas Rodriguez; it includes a collection of converters, one of which is an SBML-to-MATLAB converter。这个转换器写在Java.
我还没有亲自比较过翻译人员的结果，所以无法说出差异或输出质量。如果您试用它们并有任何相关反馈，请 告知作者。了解哪些对真实用户有效或无效将有助于在未来改进。
最后要注意的是，所有这些都是研究项目，因此请确保相应地设定您的期望。 （这不是对作者的批评；作者非常好——我认识他们中的大多数人——但学术发展工作的现实是我们都缺乏时间和资源来使这些系统变得全面、坚固、完善和完善。记录到我们希望的程度。）
我正在寻找将 SBML 模型转换为 Matlab 函数的工具。我试过来自 libSBML 的 SBMLTranslate() 函数，但是这个 returns 是一个 Matlab 结构，而不是一个函数。有人知道这样的工具是否存在吗？谢谢
至少有三个方向的努力：
- Frank Bergmann 提供 online service for SBML translation where you can upload an SBML file and it will generate a MATLAB file. The comments at the top of the generated MATLAB file explain how to use the results. The C++ source code is available on SourceForge。
- Stanley Gu 使用上面引用的 Bergmann 代码创建了 sbml2matlab，一个 Windows 独立程序。副手，我不知道 Gu 的版本是否改变或增强了 Bergmann 版本使用的算法，但它 似乎 可能。 （注：据我所知，Gu 现在在 Google 工作，不再维护此代码。）
- Systems Biology Format Converter (SBFC) is a framework written principally by Nicolas Rodriguez; it includes a collection of converters, one of which is an SBML-to-MATLAB converter。这个转换器写在Java.
我还没有亲自比较过翻译人员的结果，所以无法说出差异或输出质量。如果您试用它们并有任何相关反馈，请 告知作者。了解哪些对真实用户有效或无效将有助于在未来改进。
最后要注意的是，所有这些都是研究项目，因此请确保相应地设定您的期望。 （这不是对作者的批评；作者非常好——我认识他们中的大多数人——但学术发展工作的现实是我们都缺乏时间和资源来使这些系统变得全面、坚固、完善和完善。记录到我们希望的程度。）