在 CRAN 包中包含非 CRAN 包

Question

问题很简单。第一：

是否可以在 CRAN 包中包含非 CRAN（或 bioconductor，或 omega hat）包，并在示例中实际使用该包中的工具。
如果是，如何设置 DESCRIPTION 文件等使其合法并通过 CRAN 检查？

具体来说，我问的是 openNLPmodels.en，它曾经是一个 CRAN 包。它非常有用，并希望包含它的功能。我可以解决这个问题，而不是在示例中实际使用 openNLPmodels.en 或为其创建单元测试，并在使用函数时安装它（类似于 gender 包安装它需要的数据集）但我更喜欢一种允许我运行检查、文本、示例的方法。

这是下载和安装的方式openNLPmodels.en

install.packages(
    "http://datacube.wu.ac.at/src/contrib/openNLPmodels.en_1.5-1.tar.gz",  
    repos=NULL, 
    type="source"
)

Answer 1

有可能，但是！ ...

DESCRIPTION 文件中有一个字段可供您使用：

Additional_repositories: http://ghrr.github.io/drat

但是！

一切依赖于from 额外存储库package 的功能必须是绝对可选的。

所以这个仓库中的包应该放在 Suggests 下。

Example

我不是 100% 确定 BioConductor 和 OmegaHat 是否被认为是主流。

Answer 2

现有答案很好，但没有详细解释整个过程，所以发布这个。

Is it possible to include a non-CRAN (or bioconductor, or omega hat) package in a CRAN package and actually use tools from that package in examples.

是的，这是可能的。此类非 CRAN 的任何使用（包代码、示例、测试、小插图）都必须像 Suggests 中的任何其他包一样进行转义，最好使用

if (requireNamespace("non.cran.pkg", quietly=TRUE)) {
  non.cran.pkg::fun()
} else {
  cat("skipping functionality due to missing Suggested dependency")
}

If yes how does one set up the DESCRIPTION file etc. to make it legit and pass CRAN checks?

您需要在 DESCRIPTION 文件中使用 Additional_repositories 字段。该字段中提供的位置必须包含预期目录结构，适当目录中的 PACKAGES 文件，并且 PACKAGES 文件必须列出非 CRAN 包。

现在转到 openNLPmodels.en 包的特定示例。根据你如何下载和安装这个包的方式，将不可能将它用作依赖项并传递给 CRAN。 openNLPmodels.en 必须以 R 存储库预期的结构发布。否则，您没有有效的位置可放入 Additional_repositories 字段。

你可以做的是下载非 CRAN 包并自己将其发布到你的 R 存储库中，然后在你的 CRAN 包的 Additional_repositories 字段中使用该位置。以下是如何操作的示例：

dir.create("src/contrib", recursive=TRUE)
download.file("http://datacube.wu.ac.at/src/contrib/openNLPmodels.en_1.5-1.tar.gz", "src/contrib/openNLPmodels.en_1.5-1.tar.gz")
tools::write_PACKAGES("src/contrib")

我们只是将包源放在预期的目录 src/contrib 中，其余的由 write_PACKAGES 函数很好地处理。为确保正确创建存储库，您可以列出该存储库中可用的包：

available.packages(repos=file.path("file:/",getwd()))

它应该在那里列出你的非 CRAN 包。然后在 R 存储库中发布非 CRAN 包，您应该将存储库的位置放入 CRAN 包的 Additional_repositories 字段中。在这种情况下，位置将是 file.path("file:/",getwd()) 表达式返回的位置。

请注意，它使用本地计算机上的位置，您可能希望将其放在网上，以便任何检查您的 CRAN 包（包括检查 CRAN 本身）的计算机都可以访问 url。为此，只需将您的 src 目录移动到 public 目录，该目录将托管在某个在线位置并使用该服务器的位置。

现在再次查看您的非 CRAN 包，我们可以看到它的 url 中有 src/contrib，因此我们可以假设正确的 R它的存储库已经存在，我们不必创建和发布新的存储库。因此，您的安装说明可能类似于

install.packages(
  "openNLPmodels.en", 
  repos="http://datacube.wu.ac.at",
  type="source"
)

然后，您的 CRAN 包所需要做的就是使用可用的现有存储库

Additional_repositories http://datacube.wu.ac.at

Answer 3

usethis::use_dev_package函数解决了这个问题。

例如，运行这一行：

usethis::use_dev_package(package = "h3", type = "Imports", remote = "crazycapivara/h3-r")

将自动将以下行写入您的 DESCRIPTION 文件：

Imports: 
    h3 (>= 3.7.1)
Remotes:  
    crazycapivara/h3-r

请注意，因为 github 是 R 中最常用的非官方包分发，所以它是默认值。因此，请确保 DESCRIPTION 文件的 Remotes 部分中的条目没有 github:: 前缀。

在 CRAN 包中包含非 CRAN 包

Include non-CRAN package in CRAN package

r

package

cran

r-package