模拟钙基线的真实噪声

Question

感谢真正令人惊叹的社区，我的项目组离模拟现实钙基线噪声又近了一步。

我在数学模型中模拟了典型的钙运动：

感谢社区，我可以在不切实际的基线中添加随机噪音：

不过，噪点动态实在是太快了。有没有办法降低噪声并产生更宽的噪声峰值而不是这些尖峰。我添加一个实际测量来告诉你我的意思：

如果这个问题太具体，我深表歉意，并将删除 post。

致以最良好的祝愿，非常感谢！

Answer 1

请提出您的问题和示例reproducible，以便其他人可以提供帮助。也就是说，看起来基线只是一个随机的法线——可能是用 x <- rnorm(500) 之类的东西创建的。减少这种跳跃的一种方法是计算移动平均线。您可以使用 TTR 或 zoo 之类的包来执行此操作，或者您可以创建自己的函数。例如：

x <- rnorm(500)
plot(x, type = "l")

ma <- function(x, n = 5){ filter(x, rep(1/n, n), sides = 2) }
plot(ma(x), type = "l")

plot(ma(x, 10), type = "l")

Answer 2

我明白你的意思了。对于这种情况，我有两个建议，也许它们会有所帮助：

尝试仅将噪声添加到基线的一个子集（以下是 10%）

baseline.index = which(App[,2] == min(App[,2]))
baseline.index.subset = sample(x = baseline.index, size = 0.1 * length ( baseline.index) , replace = F)
noise = rnorm( length (baseline.index.subset))
App[ baseline.index.subset,2] = App[ baseline.index.subset,2] + noise

并尝试对噪声的均值和标准差进行一些调整。即：

noise = rnorm( length (baseline.index.subset), mean = 0, sd = 0.1)

让我们知道这是否有帮助

模拟钙基线的真实噪声

Simulating realistic noise for a calcium baseline

r

simulation

noise